Como las conferencias están destinadas al estudio de la Teología Natural, Sagan eligió el siempre espinoso asunto de las relaciones entre ciencia y religión, aunque con una amplitud de miras que le hizo abarcar otros muchos temas. Lo primero que quiere dejar claro el ponente es que la búsqueda científica de Dios es mucho más honesta que la mera pasividad ante el mensaje religioso. Aplicar el método científico a las creencias religiosas puede parecer algo insólito, pero es la única manera de indagar su auténtica naturaleza y descubrir si hay algo detrás de las meras palabras. Hace unos cuantos siglos, la ciencia estaba totalmente subordinada a la religión. Cualquier mensaje contrario a la fe era peligroso para su promotor. Poco a poco, con muchos mártires en sus filas, el universo de la ciencia se fue ensanchando, empequeñeciendo a su vez al religioso. Cuando la Tierra dejó de ser el centro del Universo y se descubrió que ni siquiera nuestro Sistema Solar se halla en el centro de la galaxia, el hombre empezó a hacerse muchas preguntas acerca de Dios. Si somos el centro de la creación ¿por qué se nos ha colocado en este lugar perdido del Cosmos? Si Dios es bondadoso ¿por qué nos ha creado tan frágiles, sujetos al sufrimiento y mortales? Además, si existen otros mundos habitados ¿de verdad seremos los preferidos del Creador?
Las religiones tradicionales solo piden que se acepte a ciegas una determinada doctrina. No suelen estimular la investigación científica, puesto que puede poner patas arriba sus cimientos, como sucedió, por ejemplo, con la formulación de la teoría de la evolución por Darwin:
"En Occidente tenemos Diez Mandamientos. ¿Por qué ninguno de ellos exhorta a aprender? "Entenderás el mundo. Comprenderás las cosas." No hay ningún Mandamiento así. Y muy pocas religiones nos empujan a potenciar nuestra comprensión del mundo. Me parece asombroso que las religiones, en general, se hayan acomodado tan mal a las sorprendentes verdades que se han descubierto en los últimos siglos."
Una de las empresas por las que el autor de El mundo y sus demonios fue más conocido es la búsqueda de vida extraterrestre. Muy cercano al proyecto SETI, piensa que, de haber vida en otros lugares (algo no descartable, teniendo en cuenta que las leyes físicas y de la evolución de la vida son las mismas en todas partes) las enormes distancias que nos separan de ella hacen casi imposible el contacto. Algo que incluso podría ser una suerte para nosotros, si estos extraterrestres estuvieran mucho más avanzados que nosotros y tuvieran interés en explotar en su beneficio nuestros recursos naturales (algo muy parecido a lo que sucedió durante la conquista de América). En ese caso, de nada nos serviría nuestra religión, nuestra crencia de ser los preferidos de Dios. Todo se desmoronaría ante la presencia de unos seres superiores que pudieran aplastarnos como insectos, aun en el caso de que nos visitaran de forma pacífica.
Lo verdaderamente sagrado debería ser la búsqueda de la verdad, aunque esta nos disguste, ya que la tendencia natural humana es la esperanza en una vida eterna. La idea de que estamos aquí por una mera casualidad (una fabulosa casualidad) resulta demasiado absurda, pero es una hipótesis que no debe ser descartada, por ser la más factible. Si un dios omnipotente hubiera creado este Universo ¿por qué su creación es tan imperfecta? ¿por qué impera esta ley del más fuerte tan cruel, que extingue a los que no son capaces de adaptarse para sobrevivir? Son preguntas que precisan respuestas científicas sin cortapisas:
"Si existe un Dios Creador, ¿preferiría Él, Ella o Ello (cualquiera que sea el pronombre apropiado) un tipo de bruto atontado que lo adore sin entender nada? ¿O más bien que sus devotos admiren el Universo real en toda su complejidad? Yo diría que la ciencia, al menos en parte, es adoración informada. Y mi creencia más profunda es que, si existe algo parecido a un dios del tipo tradicional, nuestra curiosidad e inteligencia proceden de Él. Sería no valorar esos dones si sofocásemos nuestra pasión por explorar el Universo y a nosotros mismos. Por otro lado, si tal dios tradicional no existe, entonces la curiosidad y la inteligencia son herramientas esenciales para gestionar nuestra supervivencia en una época extremadamente peligrosa. En cualquier caso, la empresa del conocimiento está sin duda en concordancia con la ciencia; debería estarlo también con la religión, y es esencial para el bienestar de la especie humana."
Cuando Sagan habla de una época extremadamente peligrosa, se está refiriendo a la posibilidad de una guerra nuclear, capaz de extinguir a la raza humana, muy presente en la década de los ochenta. También existe hoy, aunque se hable más de la amenaza terrorista, un factor que difícilmente pueden controlar los gobiernos. ¿Qué hubiera pensado Carl Sagan de nuestra época? Seguramente, a este respecto, seguiría defendiendo más o menos la misma postura que hace veinticinco años:
"En mi opinión, cuando se mira desde el espacio, (la Tierra) se ve enseguida que es un mundo frágil y pequeño, tremendamente sensible a la depredación de sus habitantes. Creo que es imposible ver este planeta y no pensar que lo que estamos haciendo es una insesatez. Estamos gastando un billón al año, en todo el mundo, en armamento. Un billón de dólares. Pensemos en lo que podríamos hacer con esa cantidad de dinero. Un visitante de otra parte - el legendario extraterrestre inteligente - que bajase a la Tierra y preguntase qué hacemos, que descubriese tantos prodigios de la mente humana y tanta parte de nuestra riqueza dedicada no solo a la guera sino a medios de destrucción global masiva... un ser así deduciría sin duda que nuestras perspectivas no son buenas y seguramente se iría en busca de otro mundo más prometedor."