No siempre Aristóteles ha favorecido al teísmo. Su sistema filosófico, pese a proporcionar los mimbres de la especulación tomista, ha dado lugar a múltiples herejías, como la que niega la Providencia de Dios (deísmo) o la inmortalidad del alma. Esta última tesis, atribuida tradicionalmente, por motivos diversos, a epicúreos y saduceos, corresponde con mayor propiedad a Aristóteles, quien no creía que el alma humana sobreviviese una vez separada de su envoltura corporal.
Pomponazzi fue el primer gran escolástico en abordar con frialdad esta aparente ruptura entre la razón natural y el dogma, asumiendo como más probable el partido de Aristóteles. Argumenta en su famoso Tratado sobre este crucial asunto que, del mismo modo que por las operaciones intelectivas puede inferirse que el alma es inmortal, en base a las operaciones sensitivas y vegetativas debería concluirse a sensu contrario que es mortal, al servirse de un instrumento caduco como el cuerpo.
A pesar de la disyuntiva, el filósofo se inclina más hacia la opinión de que el alma es mortal, para lo que ofrece distintos considerandos.
En primer lugar, que el hombre parece más próximo al animal que al ángel, siendo más significativo su comercio con lo corruptible que sus relaciones con lo incorruptible (el pensamiento y deseo de lo inmaterial). Este razonamiento fue sostenido más tarde, y con crecida virulencia, por Pierre Charron, quien llegó a afirmar que existía un abismo intelectual mayor entre hombre y hombre que entre animal y hombre.
En segundo lugar, que es imposible la intelección sin imaginación, según propugnaba Aristóteles; y puesto que no hay imaginación sin cuerpo, se sigue que tampoco habrá intelección sin cuerpo.
En tercer lugar, que aunque la unión de lo inmaterial con lo material no destruye a lo primero, hace sin embargo que sea ocioso; pues, si el alma pudiera tener intelecciones sin cuerpo, las facultades que obtiene de éste serían vanas, lo que se niega por principio, ya que ni Dios ni la naturaleza actúan en vano; y si no tuviera intelecciones sin cuerpo orgánico, entonces permanecería inactiva durante un tiempo infinito, después de la corrupción de aquél, y activa sólo por un tiempo finito, esto es, mientras el cuerpo vive, lo que conlleva asimismo una desproporción contra naturam. Esto, añade Pomponazzi, "a no ser que se recurra a la resurrección de Demócrito".
O por emplear sus propios términos en el que es el más sólido de sus razonamientos:
De estas palabras se manifiesta otra cosa, es decir, que el intelecto humano no intelige sin imagen. Pues si los seres eternos siempre se deleitan, dado que siempre inteligen, ellos mismos en su intelección no necesitan de imagen, pues si la necesitaran, no serían eternos, dado que, a partir del libro segundo Acerca del alma, la imaginación es el movimiento provocado por el sentido en acto. Es más, no son los seres eternos movidos por algo mientras inteligen, según dice el Filósofo en el mismo texto 50: "Lo que es sumamente divino y honorable no se modifica"; de hecho, la modificación es algo más indigno, y el movimiento es ya una modificación; además, en esos seres lo que intelige, lo que es inteligido y la intelección son lo mismo, como en los mismos textos citados se dice. Sin embargo, el intelecto humano, como se deleita por un brevísimo tiempo, ya que intelige durante poquísimo tiempo, no puede liberarse de la imagen, pues no intelige sino movido; y es que para él inteligir consiste en una cierta pasividad. Lo que mueve al intelecto es la imagen, como resulta claro en el libro tercero Acerca del alma. Por lo cual, no intelige sin imagen, aunque no conoce como la imaginación, puesto que, existiendo en una posición intermedia entre los seres eternos y las bestias, conoce lo universal, según lo cual conviene con los seres eternos y se diferencia de las bestias. Sin embargo, observa lo universal en lo particular, hecho por el cual se diferencia de los seres eternos y conviene con las bestias. Ahora bien, las mismas bestias que están en el límite de los seres cognoscentes no aprehenden por sí mismas lo universal, ni lo universal en lo singular, sino solamente lo singular de manera singular.
Argumento que, si tuviéramos que reducir a silogismo, podría disponerse del siguiente modo.
Premisa de derecho:
Lo que es en sí múltiple y divisible no debe su existencia a la necesidad lógica, como sucede con la unidad, sino a la contingencia de la causa que ha propiciado la unión. Ahora bien, puesto que dicha unión no es por sí misma, sino por otro, tampoco será eterna mientras la causa a la que se debe no persista eternamente en su efecto. Sin embargo, todo efecto en la naturaleza está limitado temporalmente, ya que depende de infinidad de otros efectos que son, a su vez, ocasionados por otros, de manera que resulta imposible fingir estabilidad en el orden de los fenómenos. Por lo que cabe inferir que lo que tiene causa no puede ser eterno; o, como lo entendió Platón, que todo lo que empieza a existir también deja de existir.
Premisa de hecho:
El intelecto humano no intelige sin imagen, esto es, sin referencia alguna a lo particular, ya que extrae todo su conocimiento de la experiencia.
Nudo:
El conocimiento mediante imágenes procede del movimiento (de la percepción de lo extenso en el tiempo). Si todo movimiento es modificación, pues lo que se mueve implica multiplicidad y ésta, como se ha dicho, excluye la eternidad, se sigue que tal conocimiento es corporal e inseparable del cuerpo, que es un órgano múltiple y corruptible.
Conclusión:
El alma humana es naturalmente mortal, puesto que conoce padeciendo y a través del cuerpo, por lo que sólo en un sentido impropio, en tanto es capaz de inteligir imperfectamente realidades superiores, se la llama inmortal.
Lo que resulta falso o indemostrado es, evidentemente, la premisa de hecho. Desechada ésta y admitiendo con Platón y todo el racionalismo europeo la existencia de ideas innatas se alcanza la conclusión contraria.