Felipe II murió el 13 de septiembre del año 1598 y fue sucedido por su hijo, Felipe III. Ahora bien, en la España de la época, hemos mencionado ya algunos de sus principales inconvenientes, sin embargo debemos reconocer que a pesar de ser la corona castellana la preponderante, existían varias más como la aragonesa, así como muchos otros pueblos y provincias que tenían en mayor o menor medida población morisca, como Valencia por ejemplo donde esta minoría era parte de la población trabajadora, y hay que aclarar en la gran mayoría de casos, también pobre y que ocupaba los suburbios de las ciudades. Por ello las opiniones acerca de qué hacer con ellos estaban divididas. Los que sí parecían estar totalmente de acuerdo en expulsar definitivamente a los moriscos era el Tribunal del Santo Oficio de la Santa Inquisición. Ya durante los tiempos de los Reyes Católicos, los inquisidores como el popular Torquemada habían condenado a decenas de personas a la hoguera o a otros trágicos fines, debido a que eran judíos, musulmanes, descendientes de una de estos dos grupos o por si resultara poco, también los llamados “malos cristianos”. Obviamente durante las épocas de Felipe II y III este comportamiento no se detuvo. Las propuestas acerca de qué hacer con los moriscos no dejaron de ser maquiavélicas desde los sectores eclesiásticos, y como era de esperarse la decisión fue expulsarlos tal cual como se había hecho con los judíos en tiempos de Isabel, es decir sin derecho a llevarse sus riquezas y bienes; y algunas voces inclusive sugirieron que se utilice a los descendientes de musulmanes como mano de obra esclava.
Sea como sea pasó casi un siglo hasta que se tome la decisión final. Fue a Felipe III el soberano al que le tocó ceder ante las presiones de los sectores radicales de la población española y así el 9 de abril del año 1609 se tomó la decisión final: la expulsión total y definitiva de los moriscos de tierras españolas. Se dio inicio en Valencia, lugar que tenía la población morisca más numerosa, algo que no dejó de acarrear protestas por motivos más comerciales que humanos, como ya habíamos citado más arriba, empero, la idea de quedarse con los títulos de propiedad moriscos, compensaron en algo las pérdidas. Hay que reconocer, que a diferencia de los judíos, se les permitió finalmente a los descendientes de musulmanes, llevarse sus bienes, algo que no eran gran pérdida, pues como vemos esta minoría representaban los sectores más pobres de la nación. Obviamente esta deportación forzada causó malestar no sólo en España sino también a los lugares donde los moriscos fueron enviados: al norte de África, donde se consideraba que pertenecían. Obviamente en esta zona no fueron bienvenidos del mejor modo. Así entonces desde España, los que aún no habían sido trasladados se manifestaron en rebelión a partir de ese mismo 20 de octubre, lo cual obviamente no duró mucho pues al mes siguiente todo estaba bajo control.
Pero pese a todo ello, no fue algo rápido. Las deportaciones demandaron recursos que a la larga el gobierno de Felipe III no pudo compensar ni siquiera con la confiscación de bienes. Además, muchos moriscos se ocultaron, desparecieron, se mezclaron y en ocasiones hasta fueron protegidos, aunque fueron lo menos. Se calcula que en España entre el 1609 al 1614 salieron alrededor de medio millón de personas. Aunque esta cifra para algunos es exagerada y reducen la suma total de moriscos a unos 100 mil aprox. De todas maneras el número exacto no se conoce.
Obviamente como toda acción, a pesar de que se podría decir se concluyó con éxito, terminó por generar grandes consecuencias. Ya con la expulsión de los judíos casi un siglo antes, la economía española se vio gravemente afectada. En efecto, el pueblo hebreo siempre ha sido muy destacado debido a su superación económica, y su expulsión afectó las finanzas imperiales, teniendo en cuenta que además la corona se había apropiado de los bienes y terrenos de los expulsados. Por otra parte el sector industrial e intelectual de España se vio seriamente afectado. En otros lugares como en América e Inglaterra, donde con el pasar de los siglos los judíos fueron aceptados, la prosperidad económica se dejó notar. Pero en lo que concierne a los moriscos, a pesar de que no era una minoría tan destacada como los hebreos que se habían asentado en España, su expulsión trajo algunas crisis como en Valencia, donde los sectores rurales se vieron seriamente afectados por la escasez de mano de obra. Esto por sólo señalar un ejemplo, ya que con el pasar del tiempo, la corona tomó algunas decisiones con respecto a la repoblación de algunos sectores.
Los piratas berberiscos, además, invitaron a los moriscos a unirse a sus filas, para asaltar las costas españolas en actos de vandalismo, algo que aceptaron gustosos, en son de venganza. De todas maneras, y pese a los argumentos que puedan existir, hechos como la expulsión de los judíos o los moriscos en España o en cualquier parte, sólo es un fiel ejemplo acerca hasta qué punto puede llegar el fanatismo religioso, y cuando éste recibe el apoyo estatal indispensable para proceder en sus acciones.