Generalidades
Los dos países vecinos ya tenían sus diferencias por rivalidades por partidos anteriores, pero la tensión fue aumentando en las eliminatorias para la Copa Mundial, que desembocó en la "Guerra del Fútbol" o la "Guerra de las 100 horas".
Causas reales: disputas de territorio y de inmigración
Muchos hondureños sintieron que los inmigrantes les estaban robando sus tierras y sus trabajos. Para 1966, los grandes dueños de tierras hondureños establecieron una organización llamada la Federación Nacional de Agricultores y Ganaderos. Su objetivo era prevenir que más salvadoreños adquirieran más tierras.
La organización impulsó la promulgación de leyes de tierras que le quitara las propiedades a los salvadoreños y se las reasignara a los nacionales. Alentados por el orgullo patrio, muchos hondureños empezaron a discriminar a los inmigrantes, y a cometer crímenes violentos contra ellos.
En casos extremos, los hondureños torturaron a inmigrantes salvadoreños (incluyendo a mujeres y niños). Muchos salvadoreños fueron obligados a regresar a su país. Los periódicos en el Salvador publicaron imágenes de las opresiones y abusos contra sus connacionales en Honduras. Los salvadoreños y su gobierno se enfurecieron por las atrocidades cometidas contra los inmigrantes en Honduras.
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Clasificación para la Copa del Mundo 1970 y el conflicto
El segundo juego se llevó a cabo en El Salvador, donde la selección local ganó 3-0. El equipo visitante de Honduras fue amenazado, la noche antes del juego, y sus fanáticos fueron tratados con violencia durante el juego. El entrenador de Honduras, Mario Griffin, señaló que dicho comportamiento hizo que los jugadores no se concentraran en el juego y consideró que fue una suerte que hayan perdido, implicando la tragedia que se hubiese suscitado si hubiese perdido la selección de El Salvador y sus consecuencias.
Para la eliminatoria para la Copa Mundial 1970 ambos equipos iban empatados, con dos puntos cada uno (dos puntos por cada victoria, un punto por empate y ninguno por cada derrota), y debía llevarse a cabo el tercer encuentro en tierra neutral.
El partido final se pautó para el 26 de junio en México. Antes del juego, El Salvador rompió relaciones diplomáticas con Honduras, aduciendo que el gobierno hondureño no tomó acciones para evitar los crímenes y atrocidades cometidos contra los inmigrantes salvadoreños en su territorio.
El resultado del encuentro fue 3-2 a favor de El Salvador. Los días que siguieron al partido fueron de gran tensión entre los dos países, que fue aumentando hasta desencadenar la "Guerra del Fútbol".
Inicio del Conflicto
Intervención de la OEA
Sin embargo, El Salvador se rehusó a detener las hostilidades, hasta que Honduras prometiera resarcir los daños causados a los salvadoreños desplazados y prevenir daños a los que aún permanecían en Honduras..
El cese al fuego se llevó a cabo el 18 de julio, pero El Salvador no retiró sus tropas hasta que fueron amenazados con ser sancionados por la OEA.
Bajas del Conflicto
Con cientos de miles de salvadoreños regresando desde Honduras, la economía de El Salvador sufrió enormemente.
El Salvador no tuvo tampoco un buen desempeño en el Mundial de Fútbol de 1970, siendo eliminada la selección sin haber metido un solo gol.