Leonor de Habsburgo nació en Lovaina, una localidad cercana a Bruselas, el 15 de noviembre de 1498. Por aquel entonces, sus padres, la futura reina Juana I de Castilla y Felipe de Habsburgo, llevaban poco más de dos años casados. En el verano de 1496, Juana había viajado desde el puerto castellano de Laredo hasta las tierras de su futuro esposo en Flandes. Leonor recibió el nombre de su abuela paterna, Leonor de Portugal y Aragón, esposa del emperador Federico III de Habsburgo. Cuando tenía dos años, nació su hermano Carlos y un año después su hermana Isabel. En 1947 había fallecido su tío el príncipe Juan y un año después su tía Isabel. Cuando en 1500 moría el hijo de esta, Miguel, su madre la princesa Juana se situaba la primera en la linea sucesoria de las coronas de Isabel y Fernando. Urgía por ello regresar a Castilla para que Juana y Felipe fueran jurados por las cortes. En Flandes quedaron entonces los pequeños Leonor, Carlos e Isabel bajo la tutela de su tía Margarita de Habsburgo, viuda del príncipe Juan, quien ejerció como una madre para ellos. En 1916, convertida en una joven casadera, su hermano, consciente de que iba a heredar las coronas de su madre (su padre ya estaba muerto y su madre incapacitada por demencia) vigiló muy de cerca las relaciones de sus hermanas. Leonor, quien estaba estrechando lazos con el príncipe elector del Palatinado, Federico del Rin, tuvo que firmar ante notario que no había existido ninguna relación amorosa entre ambos que pudiera condicionar un futuro enlace de Leonor con algún pretendiente elegido por Carlos.
Leonor de Habsburgo nació en Lovaina, una localidad cercana a Bruselas, el 15 de noviembre de 1498. Por aquel entonces, sus padres, la futura reina Juana I de Castilla y Felipe de Habsburgo, llevaban poco más de dos años casados. En el verano de 1496, Juana había viajado desde el puerto castellano de Laredo hasta las tierras de su futuro esposo en Flandes. Leonor recibió el nombre de su abuela paterna, Leonor de Portugal y Aragón, esposa del emperador Federico III de Habsburgo. Cuando tenía dos años, nació su hermano Carlos y un año después su hermana Isabel. En 1947 había fallecido su tío el príncipe Juan y un año después su tía Isabel. Cuando en 1500 moría el hijo de esta, Miguel, su madre la princesa Juana se situaba la primera en la linea sucesoria de las coronas de Isabel y Fernando. Urgía por ello regresar a Castilla para que Juana y Felipe fueran jurados por las cortes. En Flandes quedaron entonces los pequeños Leonor, Carlos e Isabel bajo la tutela de su tía Margarita de Habsburgo, viuda del príncipe Juan, quien ejerció como una madre para ellos. En 1916, convertida en una joven casadera, su hermano, consciente de que iba a heredar las coronas de su madre (su padre ya estaba muerto y su madre incapacitada por demencia) vigiló muy de cerca las relaciones de sus hermanas. Leonor, quien estaba estrechando lazos con el príncipe elector del Palatinado, Federico del Rin, tuvo que firmar ante notario que no había existido ninguna relación amorosa entre ambos que pudiera condicionar un futuro enlace de Leonor con algún pretendiente elegido por Carlos.