La historia subsiguiente de la Liga y la creación de Pakistán no se entenderían sin Mohammed Ali Jinnah. Jinnah se había formado en la tradición del liberalismo inglés, era miembro del Congreso e inicialmente se había opuesto a la creación de un cuerpo electoral separado para los musulmanes, aunque luego se benefició de su creación, ya que le permitió ser elegido como representante musulmán de Bombay en el Consejo Legislativo Imperial en las elecciones de 1910.
Ali Jinnah intervino en la reunión anual que la Liga celebró en diciembre de 1912 y pocos meses después ingresó en ella sin renunciar a su pertenencia al Congreso. Por aquel entonces Ali Jinnah pensaba que la prioridad debía ser la gran causa nacional de una India libre. El líder del Congreso Ghopal Krishna Gokhale afirmó de él en aquellas fechas que estaba libre de “todo prejuicio sectario lo que hará de él el mejor embajador de la unidad hindú-musulmana.”
En 1916 Ali Jinnah se convirtió en el presidente de la Liga Musulmana e hizo uso de su nuevo cargo para conseguir que Congreso y Liga trabajasen codo con codo. En buena medida fue por sus esfuerzos por los que ese año ambas organizaciones alcanzaron el Pacto de Lucknow. El Pacto establecía que los musulmanes dispondrían de una proporción de escaños en el futuro parlamento indio y recibirían escaños extras en los sitios en los que fueran una minoría. Por primera vez el Partido del Congreso aceptaba que hubiera un electorado separado para los musulmanes. Ambas organizaciones acordaron además que celebrarían sus sesiones anuales al mismo tiempo y en la misma ciudad.
Resulta muy interesante leer la alocución que aquel año Ali Jinnah dirigió a la Liga Musulmana, cuando todavía era el campeón de la colaboración intercomunitaria. En aquellos momentos aún defendía una concepción unitaria de la India. Era apreciativo de la labor realizada por los británicos: habían asegurado la paz, el orden y una justicia equitativa, además de haber puesto a los indios en contacto con el pensamiento e ideales de Occidente. Sin embargo, señalaba, el paternalismo benévolo de los británicos ya no le bastaba a una nueva India, por más que éstos insistiesen que los indios todavía no estaban preparados para autogobierno. No era ésta la opinión de Ali Jinnah, quien además exaltaba la unidad de propósito entre hindúes y musulmanes: “El aspecto más significativo y esperanzador de este espíritu es que ha surgido de un nuevo movimiento hacia la unidad nacional que ha unido a hindúes y musulmanes en el servicio fraterno a la causa común.” Ali Jinnah pedía una nueva relación de la India con el Imperio británico, sobre todo después de los sacrificios hechos por la causa común en una guerra (la I Guerra Mundial) en cuya declaración no tomó parte. No queda del todo claro en el discurso la forma política concreta por la que abogaba Ali Jinnah, más allá de la petición de un mayor autogobierno y de tener voz en los asuntos del Imperio. Posiblemente en esos momentos se hubiese conformado con el estatus de Dominio para la India y con que el funcionamiento del Imperio fuese reformado de suerte que los Dominios tuvieran voz en las cuestiones de la paz y de la guerra.
La cooperación entre hindúes y musulmanes se puso en práctica en el denominado Movimiento por el Califato, que empezó muy bien, con muchos besitos y parabienes y terminó como el rosario de la aurora.
El estado de guerra entre el Imperio británico y el Imperio otomano había incomodado a muchos musulmanes indios, que se veían obligados a luchar contra sus correligionarios turcos. Asimismo los designios de las potencias europeas hacían temer por la suerte del califato. No es que el califa mandase ya mucho, pero era un símbolo muy importante para los musulmanes.
Los musulmanes indios, capitaneados por los hermanos Mohammad Ali y Maulana Shaukat Ali, comenzaron a hacer campaña en el otoño de 1919 para que el Imperio británico cambiara su política con respecto al Imperio otomano, evitara su desmembramiento y protegiera el califato. Un momento clave para el Movimiento llegó a comienzos de 1920, cuando el nuevo líder del Congreso, Gandhi, decidió apoyar al Movimiento por el Califato. Defendiendo su apoyo, Gandhi dijo: “Si los hindúes desean cultivar la amistad eterna de los musulmanes, deben perecer con ellos en el intento de reivindicar el honor del Islam.” Entendió que hacer causa común con los musulmanes en un asunto que les preocupaba contribuiría a cimentar las relaciones entre ambas comunidades y les enseñaría a trabajar juntos. Los califistas respondieron apoyando el movimiento de no-cooperación con los británicos que promovía Gandhi.
No todos veían con los mismos buenos ojos que Gandhi el Movimiento por el Califato. Aunque el liderazgo de Gandhi hubiera acallado las voces críticas, había quienes veían con desconfianza la agenda religiosa y panislamista del movimiento. Incluso entre los musulmanes, había quienes discrepaban del mismo. El laico Jinnah era uno de los que veía el Movimiento con poca simpatía.
En 1921 la alianza entre el Congreso y el Movimiento por el Califato empezó a descomponerse. En agosto de ese año los campesinos musulmanes de Moplah se rebelaron contra los terratenientes hindúes y hubo muertos. Hubo violencias intercomunales en diversos sitios de la India, aunque a un nivel mucho menor de las que se producirían en los años 40. En febrero de 1922 tuvo lugar el incidente de Chauri-Chaura, en el que una masa enfervorizada prendió fuego a una comisaría y 22 policías murieron en el incendio. Gandhi, horrorizado por la violencia y sintiendo que la situación se le estaba yendo de las manos, puso fin al movimiento de no-cooperación sin consultar tan siquiera a los miembros del Movimiento por el Califato. Muchos musulmanes se sintieron traicionados.
El inicio de los años 20 trajo también la ruptura de Jinnah con el Congreso. Jinnah, formado en la tradición liberal británica, creía en los cambios constitucionales progresivos. La mezcla de espiritualidad y activismo político de Gandhi le ponía de los nervios al laico liberal que era. Además entre ambos no había química personal y menos la hubo con el líder ascendente del Congreso, Jawaharlal Nehru.
Jinnah es un buen ejemplo de cómo en ocasiones los grandes hombres sí que pueden tener una influencia sobre la Historia. Si el Congreso le hubiese dado más bolilla en esos años, si Nehru y él se hubieran hecho coleguitas y se hubieran ido juntos de farra, tal vez hoy no existiría Pakistán.
Un punto de no retorno en las relaciones entre Jinnah y el Congreso lo representó el denominado Informe Nehru de 1928.