La magnitud de la explosión fue tal, que un calabrote llegó hasta la localidad e Peñacastillo, a unos ocho kilómetros de distancia, y mató a una persona. Un guardia halló dos piernas sobre el tejado de un almacén de madera a una distancia de dos kilómetros. En la playa de San Martín, a kilómetros de recorrido, apareció el bastón del gobernador civil, Somoza, que junto con otras autoridades se hallaba a bordo en el momento de la explosión. El ancla del vapor, fue a parar al patio del colegio LaSalle, a pocos metros del Alta
Además de lo evidente del desastre, que fueron las víctimas mortales y los heridos, las infraestructuras cercanas al lugar de la explosión se vieron dañadas y algunos edificios no resistieron la onda expansiva, la cual destruyó casi todas las casas de la calle Méndez Núñez.El fuego quemó numerosas viviendas y alumbró durante toda la noche la búsqueda de restos humanos.Un guardia encontró dos piernas sobre el tejado de un almacén de maderas, a una distancia de dos kilómetros.
Durante los meses siguientes al desastre, se intentó recuperar la dinamita restante del barco hundido en la bahía, pero de nuevo el barco volvió a ser protagonista de otra tragedia, pues el 21 de marzo de 1894 se produjo una explosión como consecuencia de estas labores y murieron 15 operarios.
En definitiva, Santander tuvo que recuperarse de un desastre sin precedentes, puesto que muchas de las autoridades civiles, militares y bomberos fallecieron en la explosión. Cabe destacar que Santander venía sufriendo una crisis desde 1875, con la prohibición de las exportaciones de trigo y harina al extranjero, agudizada por la quiebra del comercio con las colonias americanas. Sumado a esto el desastre del Machichaco ocurrió en un delicado momento para la ciudad.
A pesar de ello, la recuperación económica y social de Santander fue progresiva puesto que en 1898 surge el Monte de Piedad, que en la actualidad es la entidad financiera Caja Cantabria, y el Banco Mercantil ( 1907), además de compañías navieras, como es el caso de Navegación Montañesa.