La amígdala desempeña un papel clave en la memoria emocional. La amígdala está estrechamente conectada con diferentes regiones del cerebro como las estructuras corticales temporales y con el resto de la corteza cerebral. También envían señales al hipotálamo y al tronco encefálico. Establece conexiones con el córtex prefrontal, permitiéndole valorar las consecuencias positivas o negativas de los estímulos que recibe y los acontecimientos. La extirpación de la amígdala provoca el llamado síndrome Klüver- Bucy, demostrando el papel central que juega la amígdala en las emociones.
Por último, el neurocientífico Joseph Le Doux, especialista en el estudio del cerebro emocional, estudió como la consciencia del peligro tiene un componente innato y otro aprendido. El miedo es una emoción fundamental para la supervivencia de los seres vivos gracias a él minimizan su expansión a animales, objetos o lugares peligrosos. El componente innato del miedo es el procesamiento automático de la información sensorial que recibimos, desencadenando como respuesta una reacción vegetativa como la sudoración de las manos, las taquicardias o los temblores de piernas o manos. Mientras que, el componente aprendido del miedo consistiría en evitar animales, lugares u objetos específicos que asociamos con el riesgo. Una lesión en la amígdala interferiría tanto en el componente innato como en el componente aprendido del miedo que hemos descrito, incapacitando tanto dar respuestas innatas como adquiridas.