En Tlalmanalco pasó sus primeros años, para luego fundar el convento de Xochimilco, en el año 1535. En el Colegio de la Santa Cruz, en Tlatelolco, fundado por el arzobispo de México Juan de Zumárraga, Bernardino formaría discípulos que colaborarían con él en el rescate de la lengua y la cultura de los aztecas y demás pueblos nahuas.
Para comprender mejor esto, no debemos olvidar el contexto político y social en la Europa del siglo XVI. Éste no era el mejor: había una fuerte intolerancia hacia los grupos protestantes. En este clima, las investigaciones y los documentos que hablaban y defendían un mundo pagano y antiguo como el azteca, no eran bien vistas por las autoridades coloniales.
Con el paso del tiempo, la obra de Bernardino de Sahagún trascendió todo tipo de barreras, y se transformó en objeto de estudio obligado si se quiere comprender el mundo prehispánico del pueblo mexicano.