Pero las Cíes no son sólo un lugar turístico, desde septiembre a junio, cuando los barcos no las visitan, solo están sus acantilados, sus playas y la fauna que las habita.
Las dos especies de aves más importantes de las Illas Cíes, y que han contribuído a la que este archipiélago haya sido declarado Parque Nacional, son el Cormorán moñudo (Phalacrocorax aristotelis) y la Gaviota patiamarilla (Larus michaellis). Estas dos especies tienen aquí unas de las mayores poblaciones nidificantes de toda la Península. Hace tan sólo 10 años, en las Illas Cíes criaban mas de 1000 parejas de moñudos y mas de 20.000 parejas de gaviotas patiamarillas.
Desgraciadamente, la falta de un plan de gestión serio del Parque Nacional, que limite la pesca con redes de enmalle en las inmediaciones de las colonias, ha causado la reducción de esa población de cormoranes moñudos a menos de 300 parejas en el año 2010. Asimismo, la colonización de estas islas por los visones americanos representa un nuevo problema de enorme gravedad, ya que son los responsables de la muerte de varias decenas de adultos reproductores en los dos últimos años.