La Muhammadiya fue fundada en 1912 por Kyai Haji Ahmad Dahlan. Dahlan pertenecía al establishment religioso de Yogyakarta y había estudiado en La Meca, donde había absorbido el pensamiento reformista. Con Dahlan la Muhammadiyah centró sus esfuerzos en la educación y la asistencia social y trató de contrarrestar los esfuerzos de los misioneros cristianos y de purificar al Islam indonesio de las “supersticiones” que le habían penetrado. Desde el inicio hubo lazos estrechos entre la Muhammadiyah y el Sarekat Islam, habiendo personas que eran simultáneamente miembros de ambas. La escisión del Sarekat Islam y la salida de sus elementos más radicales favoreció un acercamiento aún más estrecho entre ambas asociaciones.
La Muhammadiyah, que ha perdurado hasta nuestros días, se define en la actualidad como una organización puritana y rigorista, que tiene el Corán como base, pero tolerante. Afirman que los Hermanos Musulmanes no son su modelo y que se sienten más próximos al tradicionalistas Nahdlatul Ulama. Aceptan sin problemas la laicidad del Estado y no buscan crear un Estado islámico.
En 1923 apareció otro movimiento islámico un poco más fundamentalista: la Unión Musulmana (Persatuan Islam o Persis). Los fundadores de Persis habían recibido influencia del exterior, que les había llegado sobre todo por vía de Singapur. Los principales eran Haji Muhammad Yunus, Ahmad Hassan y Haji Zamzam. Desde el comienzo defendieron tesis fundamentalistas: había que volver al Islam original lo que implicaba una lectura literal del Corán y el rechazo de cualesquiera elementos indígenas que se le hubieran incorporado. Su rechazo alcanzaba incluso al sufismo, muy influyente en el Islam tradicional indonesio. Persis nunca fue un movimiento mayoritario, pero constituiría un precedente a tener en cuenta por los elementos más radicales del Islam indonesio.Por cierto que la emergencia de grupos que defendían un Islam reformista acabó provocando que los tradicionalistas organizaran su propia asociación. En 1926 fue fundado el Nahdlatul Ulama por líderes tradicionales que seguían la escuela shafi’i, encabezados por Kyai Haji Hasjim Asjari. Estos líderes veían cómo estaban siendo cogidos por una pinza. De un lado estaban los movimientos reformistas que despreciaban e ignoraban el Islam tradicional indonesio. De otro, estaban el PKI y otros elementos afines que, aun teniendo un carácter más javanés, no tenían el Islam en el centro de su ideología (bueno, ni tan siquiera en la periferia). El Nahdlatul Ulama fue, pues, la manera de hacerse oír de los ulemas tradicionales. Aunque los vientos reformistas no dejaron de alcanzarles y también ellos abogaron por la erradicación de algunas de las prácticas más heterodoxas del Islam indonesio. La década de los treinta fue la época de las querellas y los personalismos, que acababan provocando las escisiones y la creación de grupúsculos efímeros. Política y religión, modernismo, tradicionalismo, radicalismo y nacionalismo, Indonesia estaba en efervescencia. De todas estas corrientes, fue la nacionalista la más poderosa y Sukarno el líder que la encarnó. El surgimiento de un nacionalismo laico levantó ronchas entre algunos líderes musulmanes, especialmente entre los más imbuídos de modernismo. Estos líderes estimaban que el nacionalismo era una invención humana, un falso ídolo que hacía competencia al único Dios. Además podían argüír que el nacionalismo era una importación del imperialismo occidental y que el ideal a defender era la unidad de la Ummah musulmana. No obstante, por esas fechas ya hubo musulmanes reformistas que se dieron cuenta de que la Ummah y el califato pertenecían al pasado, que la vía del futuro era la de aunar Islam y nacionalismo. Varios minangkabaus que habían estudiado en Oriente Medio, encabezados por Iljas Jacub y Muchtar Lufti, se hicieron a comienzos de los 30 con la asociación Permi (Persatuan Muslim Indonesia- Unión de Musulmanes Indonesios) cuyo eslogan fue Islam y nacionalidad.Para finales de los 30, los islamistas se dieron cuenta de que la fuerza en auge era el nacionalismo y que ellos y sus querellas se estaban quedando al margen. Asi se produjo un acercamiento. Los modernistas aceptaron que la reforma del Islam indonesio no se produciría de un día para otro y los tradicionalistas reconocieron que debían de introducir algunas reformas como programas reglados en sus escuelas. En septiembre de 1937 la Muhammadiyah y el Nahdlatul Ulama crearon el Consejo Supremo Islámico de Indonesia (Majlis Islam A’laa Indonesia- MIAI), al que se acabarían adhiriendo prácticamente todas las demás asociaciones musulmanas. La MIAI funcionó básicamente como un foro de discusión y ayudó a mantener abiertos los canales de comunicación entre los diferentes grupos.En 1942 los japoneses invadieron Indonesia y pronto vieron el papel que el Islam podía jugar en su acercamiento al pueblo indonesio y en la erradicación de todos los vestigios del colonialismo. Así la administración japonesa invitó a Yakarta a representantes de los kyai (maestros musulmanes rurales) y empezó a favorecerlos. En 1943 forzaron a todas las organizaciones musulmanas a unirse en el Consejo Consultivo de los Musulmanes de Indonesia (Majlis Syuro Muslimin Indonesia- Masyumi) y fomentaron la creación de milicias musulmanas hizbullah. El Islam se vio así atribuido un papel político y hasta militar que nunca antes había tenido en el país. Mientras que los kyais se dejaron querer por los japoneses, los reformistas y los musulmanes urbanos no cayeron en la trampa. Para ellos, los japoneses eran igual de infieles que los aliados y algunas de las medidas que trataron de introducir como la de la obligación inclinarse en dirección a Tokio como gesto de respeto al Emperador, les rechinaron fuertemente.En 1945 los japoneses abandonaron Indonesia, pero durante sus tres años de ocupación habían desatado una serie de fuerzas que los colonizadores holandeses descubrirían que no podían devolver a sus botellas. Entre otras, el Islam, que se había revelado como una fuerza política, ya no querría abandonar ese terreno de acción.