Las obras de reconstrucción de la catedral comenzaron el 1 de junio de 1944 y su reapertura se festejó el 25 de agosto de 1953.
Durante el incendio se habían hundido varias bóvedas de la nave mayor y parte de la torre, el palacio episcopal estaba arruinado y había ardido el grueso del patrimonio mueble del templo. El proyecto de Bringas -ejecutado por el arquitecto Juan José Resines del Castillo- desnudó la singular configuración de la catedral como dos iglesias superpuestas y supuso la ampliación de la fábrica por la cabecera, combinando elementos propios de la arquitectura medieval y de la Edad Moderna. Así, se procedió a demoler la cabecera -que respondía a una ampliación del año 1719- y se introdujeron un transepto rematado en el exterior por dos frontones clasicistas, un cimborrio -ornado con las esculturas de los evangelistas de Julián Alangua- y un amplio presbiterio que abrazaba una girola.
Perdidos en la reforma
En el proceso de reforma se suprimieron diversos elementos de valor artístico del primitivo complejo: la capilla gótica de Santiago, también llamada de los Escalante; los restos del hospital del Espíritu Santo, también de época gótica y relacionados con la ruta de Santiago por la costa; el coro bajo, fechado en 1668, obra de Francisco del Pontón Setién y Juan de la Sierra Bocerraiz; la Puerta de los Mártires y la escalera monumental, fechados en 1698, obra de Gregorio de la Roza; y los elementos neogóticos incorporados a partir de 1889, con intervención de los arquitectos Emilio de la Torriente y Joaquín Rucoba, autor del desaparecido palacio episcopal.
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