El largo camino a Viena
Tenía unos doce años cuando su padre el rey inició las negociaciones para casarla con el emperador del Sacro Imperio Romano Germánico Leopoldo I, quien era sobrino de Felipe. El 6 de abril de 1663 se publicaban los esponsales y las capitulaciones se firmaban el 18 de diciembre del mismo año. Aquel compromiso iba a ser vital para reactivar el acercamiento entre las dos ramas de la Casa de Austria, cuyas relaciones se habían enfriado en los últimos años mientras Francia y otras cortes europeas luchaban por conseguir alianzas diplomáticas con unos y otros.
Pero a pesar de haberse acordado y oficializado el enlace, Margarita tuvo que esperar un tiempo hasta llegar a su nuevo hogar. El 17 de septiembre de 1665 fallecía su padre, Felipe IV. Al frente de la monarquía española quedaba su esposa, Mariana de Austria, y su hijo Carlos, hermano mayor de Margarita.
Las pocas posibilidades de que Carlos sobreviviera y consiguiera hacerse rey tras la regencia de su madre retuvieron a Margarita un tiempo en España. Carlos, el último Habsburgo que reinaría en España, era un niño de cuatro años enfermizo, consecuencia de las constantes y aberrantes relaciones consanguíneas que habían tenido los Austrias que le precedieron.
Margarita y Carlos tenían una hermana mayor, María Teresa, hija de Felipe IV y su primera esposa Isabel de Borbón. Casada con Luis XIV de Francia, había sido excluida expresamente por su padre de la sucesión al trono español para evitar la unión de Francia y España con el consecuente incremento del poder francés en el tablero europeo. Así, si Carlos fallecía a una edad avanzada sin dejar herederos, la corona española debería recaer en los hijos que tuviera su hermana Margarita con su esposo Leopoldo. Pero debido a la amenaza real de muerte prematura de Carlos, su padre, antes de morir, quiso demorar al máximo la marcha de su hija quien en última instancia podría ocupar el trono de su hermano de manera urgente, a pesar de ser mujer. Todo esto hizo que Felipe IV no incluyera en su testamento el matrimonio de su hija con el emperador.
Leopoldo I, quien también necesitaba un heredero para su imperio, negoció con la entonces regente Mariana de Austria poder llevarse por fin a la infanta a Viena. El día 25 de abril de 1666 se celebraba en la corte de Madrid el desposorio por poderes y tres días después Margarita Teresa se ponía en camino. El viaje duraría más de seis meses. El 5 de diciembre, la futura emperatriz hacía su entrada oficial en Viena. Se iniciaron entonces unos magnos festejos en honor de Margarita y Leopoldo.
La protagonista de Las Meninas
Margarita Teresa posó en muchas ocasiones para el gran pintor del barroco español pero sin duda su aparición más famosa fue en Las Meninas. Pintado hacia 1656, Velázquez inmortalizó a la infanta Margarita, con cinco años, rodeada de sus damas de compañía, conocidas popularmente como meninas, y otros personajes de la corte, en una sala del Alcázar de Madrid.
Un final prematuro
Margarita Teresa y Leopoldo I tuvieron cuatro hijos, Fernando Wenceslao, quien vivió un año escaso, María Antonia de Austria, futura madre de José Fernando de Baviera, Juan Leopoldo y María Ana Antonia, dos bebés que no sobrevivieron.Los continuos embarazos y partos de la joven emperatriz terminarían prematuramente con su vida. El 12 de marzo de 1673 fallecía en Viena con tan sólo 22 años de edad.
Su cuerpo reposa entre los grandes emperadores de la casa de Habsburgo en la Cripta Imperial de los Capuchinos en Viena.