En julio de 1466 el rey Enrique IV dirige una carta al Concejo de Santander ordenando que reconozcan como su señor al Marqués de Santillana, Diego Hurtado de Mendoza. El monarca había recompensado con la donación de la villa de Santander el apoyo del Marqués durante su conflicto con el Infante Alfonso.
La resistencia de los santanderinos al dominio señorial motivó primero la petición de revocación de esa cesión y después el uso de la fuerza. Durante la disputa hubo traiciones, muertos y destrucción así como la participación de otros puertos de la Hermandad de las Villas de la Marina de Castilla. La villa se partió en dos con motivo de esta rivalidad. La Puebla Vieja dominada por las gentes del Marqués, donde se encontraba el Castillo y la Colegiata (hoy catedral de Santander) y la Puebla Nueva controlada por las gentes de la villa. Ambas pueblas estaban separada por la ría de Becedo, cuyas márgenes servían de astillero y muelle, a la vez que estaban unidas por un puente que fue escenario de cruentas peleas durante esta lucha. Finalmente la villa logró rechazar a los hombres del Marqués y consiguió que el rey revocara la concesión.
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