La tesis de que el mundo secular y la modernidad arrinconaron a la Iglesia, obligándola a aceptar nolens volens la libertad de conciencia como un derecho humano, es uno de los muchos cuentos históricos que el ateo necesita creer y hacer creer para promocionar las bondades de su causa.
La verdad es justo la contraria. Fue el poder político, no el religioso, el más interesado en unir a sus súbditos bajo una sola religión. La Iglesia compartía obviamente este interés, pero no a cualquier precio, de donde surgieron los derechos individuales, derechos sagrados, como cortapisa a la potestad omnímoda del soberano, que también estaba sometida al juicio de Dios. Negar esto es negar la historia o travestirla, distorsionando la importancia relativa de los hechos y poniendo los efectos en lugar de las causas.
Cuanto más poderosa y hegemónica fue la Cristiandad menos necesitó de la coacción jurídica y las penas físicas, bastando el imperio de la fe y el natural discurrir de las buenas costumbres para garantizar la paz y el orden. La Inquisición fue un antídoto tardío contra herejías subversivas, fanatismos carismáticos y cismas virulentos que señalaron el inicio de la era moderna, amparados en una idea espuria y anárquica de la libertad religiosa.
No debe afirmarse, pues, que el cristianismo se desvinculó del poder político una vez perdida su hegemonía. Es así que la Iglesia nunca estuvo más apegada al Estado que cuando fue más débil y, dividida, se vio obligada a sobrellevar su decadencia con la ayuda de un apoyo externo. E converso, nunca fue más heroica, expansiva y gloriosa que en los tiempos de su persecución.