Se tiende a pensar que los desarrollos científicos son un contínuo que avanza con la historia, que lo nuevo es siempre mejor. Igualmente, quienes creen en este desarrollo linear suelen ver a otros pueblos sin los mismos adelantos como atrasados, como si el progreso avanzara de golpe y siempre de esta misma forma. A pesar de estar aislados por dos grandes océanos, los incas habían perfeccionado por su cuenta sus conocimientos médicos para enfrentar fácilmente problemas que darían dolor de cabeza durante siglos a los colonos europeos.
Los incas fueron una suerte de "antiguos egipcios" de América. Como ellos, tenían aspectos aspectos de su vida que podían considerarse rudimentarios y, asimismo, prácticas influidas por sus creencias. Los camascas, curanderos que actuaban como chamanes, señalaban a los dioses o la magia como la causa de las enfermedades, describiéndolas por el lugar doloroso y sus síntomas. Por ello, mezclaban superstición y experiencia en sus tratamientos. Por ello, creían que Mama Cocha, la madre de las aguas, les había enseñado las hierbas medicinales y venenosas, usándolas para tratar enfermedades. Gracias a esto habrían sido los primeros en usar la quina ( Cinchona officinalis) para tratar la malaria. Su experiencia con el tifus exantemático epidémico les permitió señalar a los piojos como los causantes, combatiendo la enfermedad con el aislamiento. De la misma manera, en la costa, donde era endémica la malaria, construían las casas en las zonas altas y arenosas de los valles, lejos de los centros urbanos y de los insectos que la transmitían.
La experiencia médica inca se manifestaba también en la deformación intencional del cráneo que, hasta su prohibición en 1752, se estableció para resaltar las características de las tribus y naciones, especialmente en la nobleza. Con el mismo propósito, estos nobles también se perforaban las orejas al llegar la madurez, manteniéndolos abiertos con un palo y aumentándolos progresivamente.
Aunque las trepanaciones son un procedimiento practicado en todo el mundo desde la prehistoria, su peligrosidad la volvió marginal en la Edad Media en el Viejo Mundo, aunque del Renacimiento al siglo XVIII volviera a recurrirse más frecuentemente a ella. En cambio, en los Andes no se dejó se realizar trepanaciones, superando en número a todas las ejecutadas en el resto del mundo. Las intervenciones craneales se efectuaron con distintos propósitos y técnicas según la época. Por ello, con los siglos se observa como comenzaron a evitar tocar la fosa temporal o la región nucal del occipital para evitar la muerte por desangramiento. Esto favoreció que, para el periodo inca, la supervivencia media de quienes experimentaban una trepanación rondaba entre el 75-85%. En comparación, en la guerra de Secesión, las intervenciones para las heridas penetrantes en la cabeza tenían una mortalidad del 82%, que se reduce al 46-56% con las cirugías craneales en general. En esos casos la mayoría moría por la infección. No obstante, es posible que entre los incas influyera la selección de quienes se realizaban una trepanación, pues no actuaba indiscriminadamente. Además, tan solo una de cada diez trepanaciones resultaba como tratamiento de un traumatismo. También se usaban en infecciones de cráneo o cuero cabelludo, epilepsia, cefaleas, enfermedades y en rituales.
Habitualmente, los cráneos encontrados son de varones adultos que generalmente experimentaban una única trepanación en sus vidas, mostrando signos de recuperación en el cráneo, indicando que no murió al poco tiempo de la intervención. En casos excepcionales se han encontrado cráneos con hasta siete intervenciones con distintos niveles de remodelado. Esto no solo señala la pericia del churihampicamayoc, que trataba a los nobles, o del sirkak o sangrador, que trataba al pueblo, sino que tampoco sucumbían a la infección.
En las distintas épocas se realizaron con cortes circulares, transversales, raspado, serrado y taladrado. Las intervenciones generalmente no tocaban más allá del cráneo, respetando los senos venosos durales y conservando puentes óseos en los orificios. Se habrían empleado cinceles de cobre, plata, oro o bronce inca ( champi). Los escalpelos o pedernales se obsidiana habrían estado limitados a los cortes, pues son frágiles a los golpes. Para cortar el cuero cabelludo se habrían usado el tumi, una hoja metálica con un extremo semicircular y un mango corto en forma de T. Además emplearían elevadores de hueso, protectores de la duramadre, fórceps, agujas de sutura, vendas de algodón y torniquetes de lana para la cabeza. En las craneoplastias usaban oro o plata, aunque hubo intentos fracasados de usar mate, calabaza o coco que acabaron en osteomielitis.
No obstante, en contraste con su destreza en el cráneo, no parece que practicaran ningún tipo de cirugía abdominal. También se sugiere que las amputaciones observadas en restos óseos podrían tratar traumatismos, deformaciones o ser castigos.
Dado que los incas no tenían un sistema de escritura, hay parte del tratamiento empleado que surge de especulaciones, los hallazgos arqueológicos y los escasos detalles proporcionados por el nativo Felipe Guamán Poma de Ayala, el jesuita Diego de Rosales y el padre Bernabé Cobo. Por ello, se cree que podrían haber usado antisépticos, como bálsamos, taninos, saponinas y ácido cinámico, utilizado también para embalsamar a los muertos. Para combatir el dolor podrían haber utilizado coca, Datura, yuca, tabaco o espingo podrido en la sora, una variante más intensa de la chicha. En casos como el cactus de San Pedro ( Echinopsis pachanoi), que contiene mescalina, el efecto sería amnésico, permitiendo olvidar la intervención. Las bebidas alcohólicas de chicha, a partir de maíz fermentado, habrían dormido al paciente, especialmente si se combinaba con otro estupefaciente. Junto a los torniquetes, la raíz de ratania ( Krameria lappacea), el arbusto pumachuca y los preparados de ácido tánico habrían contenido las hemorragias. También se han encontrado cauterizado con agujas, piezas de metal más grandes o con aceite hirviendo. Aunque las agujas metálicas de sutura cosían con hilos de algodón, en el cuero cabelludo podían anudar los pelos de los márgenes. En cuanto a la odontología, habrían usado los dientes de cachalote como curetas.
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