Este 'monumento' fue descubierto por un submarinista japonés en el 1985 por casualidad.Hallando una estructura de piedra con forma de arco y agujeros en la cima de la estructura, cuya posible función sería dar cimiento a los postes de madera que soportaban el techo.Esta estructura megalítica posiblemente estuvo fuera del agua durante la era glaciar permitiendo resguardar a una gran población de personas
El 4 de mayo de 1998, partes de la isla y de la 'estructura de Yonaguni' fueron destruidas por un terremoto submarino. Posteriormente se realizaron filmaciones submarinas y encontraron nuevas estructuras con una forma similar a los 'Zigurat' de Mesopotamia, tras esta noticia muchos defensores de la 'pirámide de Yonaguni' afirmaron que se trataba del monumento más antiguo de toda nuestra historia y que todo el mundo podía comprobar con sus propios ojos las 'maravillas de nuestros ancestros'.
El geólogo Teruaki Oshī opina que hace 10.000 a.C ya utilizábamos las formaciones geológicas para construir grandes estructuras y ciudades a su alrededor,pero claramente no se ha encontrado ninguna herramienta en las zonas colindantes que demuestre que ha sido 'tallada' por el hombre.
En julio del año 2000, un equipo de filmación de Canal Historia se sumergió en Yonaguni para comprobar la veracidad de las ruinas, los buzos pudieron apreciar una gran estructura con dos lados elevados ,que denominaron 'escenario' ,además encontraron un rostro muy similar a las antiguas representaciones de América Central,además de una curiosa piedra que sugirieron que era utilizada como un 'calendario solar'.
Claramente aún quedan muchas incógnitas por resolver para afirmar que la 'estructura de Yonaguni' es el monumento más antiguo del mundo.