Gill escribió también para Ditko The Heritage (Strange Suspense Stories #52, 1961), la historia de los últimos supervivientes de la hecatombe nuclear que aterrizan en un planeta similar a la Tierra en un estadio evolutivo primitivo. Y juntos crearon a Captain Atom(Space Adventures #33; marzo de 1960), en quien se inspiraría el Dr.Manhattan de Alan Moore.
Entonces, Stan Lee, que estaba revolucionando el mundo de los superhéroes desde 1961 (Los 4 fantásticos), confió en Ditko para que diera forma a Spiderman (1962) y Doctor Extraño (1963), personajes que le granjearían fama mundial. En las páginas de Spiderman, Ditko dibujó también las primeras viñetas del Lagarto (The Amazing Spiderman #6, 1963), como vimos aquí.
En Marvel Spotlight vol.2 nº5 (1980) apareció la historia de un monstruo kaiju llamado Wani, que Ditko creó con guiones de Marv Wolfman.