Las tecnologías genómicas han avanzado durante los últimos años de manera vertiginosa y, en la actualidad, el nivel de información que podemos disponer acerca de un paciente permite empezar a pensar en una implantación más generalizada de la Medicina Personalizada en un horizonte cercano. Además, la constante reducción de costes de dichas tecnologías hace prever que los factores de tipo económico no supondrán un obstáculo importante para su incorporación a la clínica. En este contexto, la bioinformática se ha mostrado como una disciplina capaz de integrar información de distintos tipos y realizar predicciones y modelos virtuales que pueden ser muy orientativos y aplicables en el ámbito clínico.
Sin embargo, como indica Joaquín Dopazo, Director del Departamento de Bioinformática y Genómica del Centro de Investigación Príncipe Felipe (Valencia), “la realidad actual es que estas metodologías aún no se están explotando adecuadamente, en parte porque los precios aún no son lo suficientemente bajos, pero principalmente por las dificultades de analizar este tipo de datos”. En su opinión, “el cuello de botella actual está en la bioinformática. Los hospitales no disponen del equipo humano e informático requerido para afrontar este reto”, asegura. Sobre estos aspectos se ha discutido en una jornada
científica centrada en el análisis de los “Recursos bioinformáticos en la consulta de cáncer hereditario”, celebrada en Madrid y organizada conjuntamente por el Instituto Roche y la sección de Cáncer Hereditario de la Sociedad Española de Oncología Médica (SEOM). La reunión ha estado coordinada por el Dr. Luis Robles y la Dra. Carmen Guillén (coordinador y secretario, respectivamente, de la Sección de Cáncer Hereditario de la SEOM).
En estos momentos, la bioinformática se ha erigido en un pilar fundamental del manejo del cáncer. De hecho, indica Joaquín Dopazo, “a día de hoy la principal limitación a la explotación de los resultados del proyecto del Genoma del Cáncer es, precisamente, el análisis de datos, ya que la producción está funcionando a la perfección”. Y es que, según los expertos reunidos en este foro, no cabe duda que la mayor fuente de novedades en la investigación del cáncer va a venir en los próximos años de mano de la genómica (sobre todo secuenciación masiva), y eso requiere de un adecuado manejo bioinformático de los datos.
Sin embargo, este reto se está afrontando con un importante déficit de recursos y especialistas bioinformáticos. Para Joaquín Dopazo, “la carencia de bioinformáticos es un grave problema en la actualidad; es más, sólo un pequeño porcentaje de los bioinformáticos son especialistas en genómica”. Por ello, añade, “urge formar especialistas en análisis de datos genómicos si queremos aprovechar las posibilidades que las tecnologías genómicas nos ofrecen en la actualidad y si queremos hacer realidad el sueño de la Medicina Personalizada”.
-Aplicación en cáncer de mama y colon hereditario
Tratando de aportar soluciones prácticas a problemas concretos que se plantean en el manejo del cáncer de mama hereditario, se celebró en esta jornada un taller de trabajo dirigido por el Dr. Orland Díez Gibert, del Programa de Medicina Molecular y Genética del Laboratorio de Biología Molecular del Hospital Vall d’Hebrón (Barcelona). En él se revisaron los resultados obtenidos en el análisis de los genes BRCA1 y BRCA2, los principales genes responsables del cáncer de mama y ovario hereditario. Según explicó el conferenciante, “dado que hay variantes genéticas cuyo efecto biológico o clínico es desconocido o tiene una interpretación problemática, las bases de datos y las herramientas bioinformáticas pueden ayudarnos a obtener información para determinar si se trata de variantes patogénicas o neutras”.
En el cáncer de mama hereditario, el análisis de los genes BRCA1 y BRCA2 está plenamente establecido en numerosos centros hospitalarios del país. Sin embargo, se obtienen con mucha frecuencia resultados genéticos cuyo significado clínico es controvertido y no permiten establecer un diagnóstico molecular definitivo o bien una previsión de riesgo. En estos casos, insistió el Dr. Díez, “se requieren estudios adicionales experimentales y otras fuentes de información, como la consulta de bases de datos o bien el uso de programas bioinformáticos, que tratan de predecir con más o menos fiabilidad el carácter patogénico o benigno de la variante genética”.
Por su parte, en el caso del cáncer de colon hereditario, habitualmente los problemas en este ámbito radican en el reconocimiento de las características de los síndromes antes de realizar el test y en el correcto manejo de los pacientes. Tal y como apunta Ángel M. Alonso Sánchez, médico adjunto del Servicio de Genética Médica del Complejo Hospitalario de Navarra, “tenemos herramientas potentes en la red para, a partir de datos clínicos y basados en la evidencia, diseñar las mejores conductas clínicas para cada paciente y familia individualmente”. Pero, apostilla, “en muchos casos aún desconocemos la repercusión clínica de los cada vez más numerosos datos genómicos y proteómicos que gestionamos en el estudio de cada paciente”.
En el ámbito diagnóstico y clínico del cáncer hereditario suelen usarse múltiples bases de datos, tanto genéticas y moleculares, como clínicas o bibliográficas. Existen herramientas bioinformáticas más específicas, que pueden ser útiles para ayudar a establecer el efecto patogénico o neutro de una variante genética identificada de carácter dudoso. Los programas más utilizados habitualmente consideran las modificaciones estructurales o funcionales que causaría en la proteína correspondiente. Otros predicen si la variante identificada alteraría el correcto funcionamiento de los mecanismos de transcripción del gen.
En general, se pueden dividir estos recursos bioinformáticos en dos grandes categorías: de información y manejo clínico, y de ayuda al diagnóstico molecular. Las que brindan los recursos para el primer apartado son plataformas especializadas y aplicaciones informáticas derivadas de ellas. En el segundo grupo, existen tres servidores internacionales que albergan los datos del análisis del proyecto genoma humano: EMBL-Bank del EBI europeo, DDBJ (DNA Data Bank of Japan) en el CIB/NIG y GenBank en el NCBI de EEUU. “Estas tres plataformas están conectadas en alianza para asegurar la disponibilidad de las secuencias al público general, y ninguna revista científica o análisis de diagnóstico molecular puede describir resultados de una secuencia de nucleótidos o proteica o de su interpretación sin hacer referencia a los depósitos de una de estas tres principalesbases de datos o sus derivadas”, recuerda el Dr. Ángel Alonso.