Antes de la reforma de la Ley Orgánica General Penitenciaria (LOGP) de 2003 la matrícula de presos en las universidades públicas españolas no estaba regulada especialmente. La universidad admitía al preso según sus requisitos de admisión y la atención al preso se hacía mediante acuerdo entre la universidad y la institución penitenciaria en la que estaba el preso.
En la práctica, casi todos los presos españoles que decidían hacer estudios universitarios elegían la UNED. Los presos etarras, sin embargo, elegían la Universidad del País Vasco, UPV/EHU. Hubo sospechas acerca del trato de favor a los presos etarras, tanto en la admisión como en la atención y las posteriores calificaciones a estos presos. Tras las elecciones a Rector de 2004, el equipo rectoral realiza un estudio para saber si han existido estos tratos de favor. El informe de agosto de ese año, presentado en el Consejo de Gobierno de la UPV/EHU, encuentra unas tasas de aprobados muy inferiores a la media universitaria y que no hay razón para sospechar estos tratos de favor.
La reforma de la LOGP de 2003 establece que los estudios universitarios de presos en instituciones españolas deben seguir un convenio que se establezca entre la Universidad y la Dirección de Instituciones Penitenciarias (y no, como hasta ahora, con un acuerdo con la institución particular). La única universidad con convenio tras esta ley era la UNED. La UPV/EHU se dirigió en varias ocasiones a la Dirección de Instituciones Penitenciarias para establecer uno propio sin obtener contestación. En ausencia de convenio, la UPV/EHU anuló todas las matrículas de presos en instituciones penitenciarias españolas.
El protocolo de matrícula en la UPV/EHU continúa para los presos en cárceles extranjeras, pero es recurrido en 2004 por el Abogado del Estado. El Tribunal Superior de Justicia del País Vasco desestima este recurso en sentencia de octubre de 2006. El Abogado del Estado recurre al Supremo, que en sentencia de marzo de 2009 anula la sentencia del Tribunal Superior del País Vasco y declara nulo el protocolo de matrícula. El Supremo entiende que el artículo 56.2 de la LOGP afecta también a los estudios de presos en cárceles extranjeras.
La UPV/EHU entiende que se vulnera la Autonomía Universitaria con esta sentencia y recurre al Tribunal Constitucional. El 22 de diciembre de 2011 la UPV/EHU es notificada de la estimación del recurso, en el que el TC declara vulnerado, efectivamente, el derecho a la Autonomía Universitaria y reconoce que el artículo 56.2 de la LOGP no puede extenderse a presos en cárceles extranjeras, sobre las que la Dirección de Instituciones Penitenciarias no tiene competencia.
Esta es la historia cuya última etapa se anuncia con titulares como "El Constitucional avala la matriculación de presos etarras en la UPV". Es bastante inexacto, porque ni la ley ni los recursos se refieren especialmente a presos etarras, aunque en la práctica les afectará a ellos como a cualquier otro. Con todo, es mejor que titulares previos, que decían que se regalaban títulos. Titulares que fueron objeto de demanda por parte de la UPV/EHU, con resultados positivos hasta el momento. Parece que el valor de la Academia y de los principios amparados por la Constitución se han antepuesto a los vaivenes de la coyuntura política y de las manipulaciones oportunistas.