El Directorio revolucionario francés seguía pensando en la invasión de Inglaterra, construyeron un gran número de barcazas y pontones, para trasladar un poderoso ejército, al mando de Napoleón. Para proteger el paso del convoy, se pensó en reunir a las escuadras francesa, española y holandesa, pero Bonaparte propuso y consiguió posponerlo, dando prioridad a la campaña de Egipto. También se intentó una rebelión en Irlanda, con tres intentos que acabaron en otros tantos fracasos. Con el ejército francés aislado en Egipto y la guarnición maltesa, bloqueada por ingleses y portugueses, los planes franceses fueron que Mazarredo, junto con la escuadra francesa del Mediterráneo, socorrieran ambos puntos. A la vez insistían en que España declarara la guerra a Portugal y exigían la destitución de Godoy. Los franceses obtuvieron el consentimiento español para una expedición hacia Irlanda, otra contra Jamaica, y una más en el Mediterráneo para socorrer a Malta. El 4 de enero de 1799 zarpó de Ferrol, los navíos San Fernando de 90 cañones, los de 74 San Pedro de Alcántara, San Agustín y Menorca, y las fragatas: Florentina, Brígida y Paz, al mando del jefe de escuadra don Pedro Obregón, para llevar pertrechos a Canarias, cosa que se consiguió sin ningún problema. El 28 de abril de 1799 zarparon también de Ferrol cinco navíos: Real Carlos de 112 cañones, Argonauta de 80, Monarca de 74, junto con el Castilla de 64 y la fragata Paz, todos al mando del jefe de escuadra don Francisco Melgarejo, con el objetivo de unirse a otra francesa y desembarcar en Irlanda y promover una rebelión. Las tropas de desembarco las mandaba el teniente general don Ricardo O'Farril. Melgarejo fondeó el 7 de mayo, en Rochefort, pero los franceses se habían olvidado del proyecto. Melgarejo pidió permiso para reembarcar, a lo que se opusieron los franceses, entonces acoderó sus navíos en la rada de Aix. El 1 de julio una escuadra inglesa apareció con la pretensión de atacarles. Tres goletas bombarderas lo intentaron, pero sus disparos quedaron cortos. De nuevo lo intentaron, pero se encontraron con que los españoles habían armado sus botes como cañoneras y el ataque fue un rotundo fracaso. Bruix y Mazarredo se encontraban en Brest, el primero mando a Melgarejo aviso con la fragata Carmen y el bergantín Vivo para que se uniera a ellos. Zarpó Melgarejo el 2 de septiembre, pero se encontró Brest totalmente bloqueado, dio media vuelta y regresó a Ferrol.
Napoleón había liquidado el Directorio y proclamando el Consulado. Desde su cargo de cónsul proyecto algo que en lo naval era irrealizable: saldrían las escuadras de Brest, para unirse con 4 navíos franceses que se encontraban en Cádiz, socorrerían a Malta, volverían a Tolón y reconquistarían Menorca, para por último dirigirse a Egipto y salvar al abandonado ejército francés. Mazarredo, ahora embajador en París, le hizo ver lo imposible de aquel plan, pero Napoleón ya no pensaba en eso, ahora preparaba su gran expedición terrestre contra Austria en Italia. Que terminaría con su sensacional victoria en Marengo. Al regresar de esta campaña ante la petición por parte española, del regreso de la escuadra fondeada en Brest, consiguió la destitución de Mazarredo, obligo a declarar la guerra a Portugal, la llamada Guerra de las Naranjas, y la entrega a Francia de la Luisiana. No conforme con esto exigió la entrega de seis navíos: Conquistador, Pelayo, San Jenaro, San Antonio, Intrépido y Atlante, gratis con el pretexto de que los españoles no tenían marineros para tripularlos. Mientras tanto se habían producido otros combates. Uno de ellos fue el audaz ataque británico a Ferrol el 25 de agosto de 1800. Cinco navíos (uno de tres puentes), cinco fragatas y bastantes menores, al mando del contralmirante Warren, y con un cuerpo de desembarco de unos 8.000 hombres, tenían como objetivo, destruir la escuadra allí fondeada y el arsenal. Dada la alarma, Melgarejo y don Juan Joaquín Moreno, organizaron la resistencia. El capitán de navío don Ramón Topete, al mando de 500 hombres, subió a las alturas de Brión y La Graña, para vigilar al enemigo. Los atacantes habían fondeado en las playas de Doñinos y Los Ríos, y ya por la tarde iniciaron el ataque sobre La Graña, dirigiéndose la vez hacia el castillo de San Felipe, con la intención de tomarlo por la espalda, pero se pudo frenar el ataque, aunque si pudieron apoderarse de la población de La Graña. Todo parecía perdido para los que defensores, pero los británicos no opinaban igual, y ante el temor de que llegaran refuerzos desde el interior, decidieron retirarse y reembarcar, la noche del 26. La expedición británica se unió a la altura de las Cíes, con la del almirante Keith y general Abercromby, reuniéndose 22 navíos, 37 fragatas, corbetas y menores, más 80 transportes con 18.000 hombres de desembarco. El 4 de octubre avistaron Cádiz, pidiendo su rendición al gobernador de la plaza, general don Tomás Morla. Este les contesto que la ciudad sufría una epidemia de fiebre amarilla, apelando a su humanidad. Esto fue tomado por los ingleses como una debilidad, exigiendo la destrucción del arsenal, y la entrega de la flota, a lo que Morla contestó que estaba dispuesto a la defensa hasta "los más terribles esfuerzos”. Ante lo cual, los ingleses se hicieron a la vela, puesto que, su verdadero objetivo era poner punto final al aislado ejército francés en Egipto, y no tenían tiempo que perder. Derrotaron al ejército francés, aun con la perdida de Abercromby. Mientras, Napoleón insistía en su proyecto de invasión de Inglaterra, a pesar de que, con los medios disponibles, era prácticamente imposible, ya que las escuadras francesas estaban bloqueadas por las inglesas en sus bases, los cuales contaban en el Canal de la Mancha, con una escuadra al mando de Keth, compuesta por 21 navíos y 22 fragatas, que se podían unir con los 33 navíos, aparte de fragatas, que al mando de Cornwallis, bloqueaban Brest, efectivos que aún se podían ver aumentados con la escuadra de Nelson que bloqueaba Tolón, más los que vigilaban el Estrecho de Gibraltar y otros repartidos por todos los mares. Napoleón preveía que saliera la escuadra de Tolón, el 2 de julio de 1804, desbloqueara a las de Rochefort y Cherburgo, y juntas hicieran lo propio con la de Brest, dirigiéndose a continuación todas juntas hacia el Canal, para permitir el paso del convoy. Pero, aun así, los efectivos serían inferiores a los que podrían reunir sus enemigos. Era necesario crear algo que dispersara una parte de los efectivos ingleses, nace así el plan del 2 de septiembre de 1804. La operación era bastante compleja: Una división compuesta por diez navíos, saldría de Tolón, al mando de Villeneuve, recogería un navío refugiado en Cádiz, y cruzaría el Atlántico, en dirección al Caribe, donde se reuniría con otra división salida de Rochefort, con seis navíos al mando de Missiessy, reforzarían Martinica y reconquistarían Santa Lucia y Santo Domingo. Con esto atraerían a fuerzas británicas. Para complicar más las cosas al enemigo, otra división, salida también de Tolón, tomaría Santa Elena y atacaría Senegal. Atraídos los ingleses al Caribe, Villeneuve y Missiessy, navegarían a todo trapo para desbloquear la flota bloqueada en Ferrol, y junto a los navíos que hubieran podido alistar en Rochefort, partirían hacia el Canal. Así la escuadra de Brest, al mando de Ganteaume, con 22 navíos y 18.000 hombres, arribaría a Irlanda, provocando su rebelión. Hecho lo cual Ganteaume se reuniría con Villeneuve, en el Canal.
Sobre una mesa de movimientos, el plan era muy bonito, pero era muy complejo coordinar las tres flotas. Para complicar más las cosas, las órdenes para Ganteaume fueron interceptadas por los ingleses, por lo que hubo que renunciar a este nuevo plan. Se decidió, no obstante, continuar con la parte correspondiente a Villeneuve y Missiessy, que sorprendieron a Nelson en Cerdeña, que había partido, confundido por los informes que recibía, a buscar a los franceses en Alejandría. Una vez más el tiempo se alió con los ingleses, Villeneuve sufrió un temporal que le hizo regresar a puerto con múltiples averías, esto echó a perder, de nuevo el plan. Pero el Emperador, no estaba dispuesto a quedarse sin hacer nada, e inmediatamente ideó otra variante de su plan: Ganteaume ahora no se dirigiría a Irlanda, aprovechando la alianza española, pondría proa a Ferrol, donde recogería los navíos franceses y españoles que se hubieran alistado, y se dirigiría a Martinica, que sería el punto de reunión con Missiessy y con Villeneuve, que saldría de Tolón, recogería en Cádiz el navío francés y los españoles que estuviesen preparados y se dirigiría a la isla caribeña. Una vez allí todos, harían el mayor mal posible y se dirigirían rápidamente a aguas europeas, asegurando así el paso del ejército de invasión. El plan era bueno; pero las flotas tenían que hacer una doble travesía del Atlántico, con el consiguiente cansancio de las tripulaciones y deterioro de los buques. Además, Napoleón no confiaba en sus almirantes, por lo que en ningún momento les comunicó el plan en conjunto, no fuera que alguno fuese derrotado y les contara a los ingleses el plan previsto. También demostró un injustificado desprecio por los almirantes ingleses; si había vencido a sus generales en tierra, podía vencer a sus almirantes en el mar. A esto hemos de agregar que Napoleón plasmaba sus órdenes, a menudo, en simples papeles, con una mezcla de francés y corso. Pero tenía el perfecto complemento en su jefe de Estado Mayor Berthier, capaz de descifrar esas notas y convertirlas en un magnífico plan de batalla. Pero eso era en tierra, en mar, Decrés, su ministro de Marina solo conseguía empeorar las cosas. A pesar de todas las objeciones puestas, el plan estuvo a punto de salir bien. Villeneuve, tras el fracaso anterior, estaba decepcionado por la impericia de sus dotaciones, así como de los malos pertrechos de sus navíos. No deseaba ni el mando, ni participar en una nueva aventura, y así se lo manifestó por carta a Decrés. Pero Napoleón estaba decidido y le dio el mando de la expedición. Una vez hechas las reparaciones oportunas, salió de nuevo Villeneuve el 29 de marzo con su insignia ondeando en el Bucentaure, con diez navíos más, cuatro fragatas y dos bergantines. Nelson de nuevo mal informado, se dirigió a Nápoles, mientras Villeneuve llegaba a Cartagena el 7 de abril, zarpando seguidamente hacia Cádiz. En el estrecho se encontró con la división de John Orde, con cinco navíos, el cual al ver su inferioridad, se batió en retirada. Este Orde era enemigo acérrimo de Nelson, desde que Jervis puso por delante en el mando de la escuadra que luchó en Abukir, a Nelson, a pesar de ser superior en antigüedad y grado. A la llegada de Villeneuve a Cádiz se encontró con Gravina, que izaba su insignia en el Santísima Trinidad, pero ante la impaciencia por partir del almirante francés, y que el navío no estaba preparado, paso su insignia al Argonauta y ordenó que se le incorporaran los San Rafael, Terrible, Firme, España y América, más la fragata Magdalena y el navío francés Aigle. Villeneuve estaba convencido de que Nelson le venía pisando los talones, por lo que ordenó zarpar a las tres de la madrugada del día 10. Pero aquellas prisas estaban injustificadas. La expedición, tras una travesía sin problemas, arribó a Fort Royal, el 14 de mayo, adonde había llegado el día antes, la división de Vázquez Mondragón.
Pero la esperada reunión con Missiessy había fallado, pues este tras esperar inútilmente a Villeneuve, había zarpado de vuelta a Francia a finales de marzo. En realidad sus órdenes eran, atacar las islas de Dominica y Santa Lucía, mientras esperaba a Villeneuve, y si pasadas seis semanas, este no aparecía, regresar a Francia, no sin antes reforzar con las tropas Martinica, Guadalupe y Santo Domingo. Al enterarse Napoleón, del regreso de Missiessy, montó en cólera, aunque la culpa era únicamente suya. Mientras Villeneuve, sabiendo que su reunión con Missiessy era imposible, pero teniendo que esperar a Ganteaume, dejó correr el tiempo plácidamente. Los mandos franceses de la zona y Gravina le insistían en la conquista de Trinidad, pero Villeneuve, insistía a su vez, en su inacción. Tras mucha insistencia consintió en la conquista del islote del Diamante. Pero mientras se llevaba a cabo esa limitada operación, llegó con importantes despachos de Decrés y de Napoleón, la fragata Didon. Las noticias eran las siguientes: La escuadra de Ganteaume no había podido salir de Brest, por tanto, se ordenaba a Villeneuve que esperara durante 35 días, a partir de la llegada del contralmirante Magon. Durante este tiempo, Villeneuve tenía que desembarcar tropas y reforzar con ellas las guarniciones de Martinica, Guadalupe, Dominica y Santa Lucia. Como la salida de Ganteaume era casi imposible, Napoleón hizo otro cambio en sus planes: Villeneuve zarparía con sus 20 navíos y 8 fragatas rumbo a Ferrol, desbloquearía allí a los buques españoles y franceses, iría luego a Brest, y haría lo mismo; y así con unos 60 navíos se encontraría en Boulogne con el Emperador y su ejército. Tanto Decrés como Napoleón le insistieron para que comunicara estas nuevas órdenes a Gravina, cosa que hizo. Por fin salió de su apatía zarpando el 5 de junio.
En plena navegación, el día 8 de junio, toparon con un convoy inglés de 15 mercantes, escoltados por la fragata Barbada, al mando del capitán de navío Nourse, jefe del convoy, y de la goleta Nelley. Las dos escoltas y un mercante lograron escapar, apresando a los catorce mercantes restantes. Interrogadas los prisioneros ingleses, se descubrió que Nelson estaba por aquellas aguas. Villeneuve, impresionado, se olvidó de la cita con Ganteaume y zarpó inmediatamente hacia Ferrol. Nelson llegó a Barbada el 4 de junio, dio órdenes de salir el convoy mencionado y partió en busca de su enemigo. De nuevo se volvió a equivocar, pensando que los españoles se dirigirían a La Habana, y que Villeneuve se dirigía a Tolón. Obsesionado con la persecución se dirigió a San Vicente, mientras Villeneuve lo hacía a Ferrol, perdiendo así cualquier posibilidad de encontrarle. Al partir Cochrane en persecución de Missiessy, quedó el grupo de Ferrol a cargo de Robert Calder, con su insignia en el tres puentes Prince of Wales, más nueve navíos más. Al llevar la noticia el bergantín Curieux a Inglaterra, de que Villeneuve se dirigía a Ferrol, posibilitó que la división del contralmirante Sterling, se reuniera con la de Calder. El 22 de julio de 1805, las divisiones de Calder y Villeneuve se avistaron, lo que tendría como consecuencia el combate de Finisterre, que frustró los planes de Napoleón para invadir Inglaterra. Al darse por finalizado el combate, Nelson tuvo que rectificar sus palabras sobre los españoles, ya que había dicho a sus hombres, que él solamente con el Victory, haría frente a los seis navíos españoles, mientras que los otros nueve buques de su escuadra vencerían a los 12 franceses. Pero ahora, los seis medianos dos puentes de Gravina, habían hecho frente más que honrosamente y durante cuatro horas, a la mitad exacta de la escuadra de Calder, siete navíos incluidos dos de sus cuatro de tres puentes, mientras que los catorce franceses habían sido incapaces de imponerse a la otra mitad británica.Ramón Martín