Para nadie era desconocido que entre este último y Noriega existían lazos. Además, toda la cúpula de poder, llena de corrupción, estaba influenciada por este último, quién, por cierto, ahora prácticamente podía obrar a sus anchas en el país. Muy pronto Noriega y el gobierno panameño atrajeron el ojo del mundo entero, pues el nivel de corrupción llegó a niveles elevados. Estados Unidos, fiel a su tradición, entonces declara un bloqueo contra la economía panameña, la cual estuvo a punto de llevar al país hasta el desastre. Washington aceptó quitar el bloqueo pero con la condición de que Noriega no se halle en el nuevo gobierno. Como era de esperarse, el régimen de Solís Palma se mostró reacio a traicionarlo. La opinión internacional creyó que lo adecuado era esperar las elecciones, las cuales finalmente se llevaron a cabo en mayo de 1989. El candidato del gobierno que deseaba continuar en el poder desde luego, fue Carlos Duque Jaén, mientras que el de la fulminante oposición era Guillermo Endara, quien por cierto llevó la ventaja y ya se anunciaba como virtual ganador. No obstante, pese a todo, el gobierno declaró nulas las elecciones pues alegaba un fraude en el cual los imperialistas yanquis intentaban entrometerse en la política panameña. Las protestas en las calles no se hicieron esperar y se encontró gran oposición por parte de la milicia de Noriega. El país era un caos. Para disimular las apariencias es puesto en el cargo de presidente Francisco Rodríguez. Obviamente todo esto tuvo oposición desde las fuerzas armadas. El mayor Moisés Giroldi Vera llevó a cabo un golpe de estado que estuvo a punto de triunfar, pero al final, debido a su indecisión para matar a Noriega, todos sus planes son frustrados por las Fuerzas de Defensa del gobierno. El líder rebelde y sus partidarios fueron asesinados cruelmente en la Masacre de Albrook.
La invasión estadounidense y prisión
Noriega ante esto, cree ver llegado su momento culmine y la Asamblea Nacional, totalmente dominada por él, decide nombrarlo jefe de gobierno. Además declaró la necesidad de ir a la guerra contra Estados Unidos. Así entonces, el 19 de diciembre, casi a la medianoche, los yanquis bombardean todas las posiciones militares, dando inicio a la invasión estadounidense que tenía el nombre clave de “Just Cause”, o Causa Justa. El bombardeo ocasionó más que todo bajas civiles, las cuales fueron justificadas por el presidente de entonces, George Bush, como una necesidad para capturar a Noriega, un hombre reacio a dejar el poder y muy vinculado al narcotráfico. Luego de que Noriega se refugiase en la Nunciatura de Panamá, finalmente, los militares yanquis rodearon el edificio y después de tres días, sin usar la violencia, el mismo dictador se rindió ante sus captores. Era ya 3 de enero de 1990. Al llegar a la tierra del tío Sam, fue recluido en Miami donde esperó su juicio. Finalmente, fue condenado en un inicio a unos cuarenta años de la privación de la libertad, en carácter de prisionero de guerra. Finalmente su condena fue reducida a tres décadas. Parte de su fortuna extraída del narcotráfico, fue invertida para que el mismo Noriega pueda cubrir los gastos de su defensa.
A inicios del 2010, Noriega es enviado desde Estados Unidos a Francia, pues aún debía unos diez años de condena debido al lavado de dinero; aunque en julio de ese mismo año, hallándose ya en París, fue condenado sólo a siete años de prisión. En su país, Panamá, Manuel Antonio Noriega recibió una condena por varios quinquenios más por homicidios, corrupción, perjuicio en contra del Estado. Actualmente su país exige que sea repatriado para ser juzgado allí, pues él es un prisionero de guerra, y como tal debe ser sometido a una corte de su país de origen. Además los panameños alegan que un crimen por homicidio es más grave que el de lavado de dinero. De todas maneras, aún no se le ha extraditado. Algunas voces dicen que Noriega no es devuelto a su país, pues sus lazos con el narcotráfico aparentemente son muy comprometedores y lo más probable es que su defensa, a modo de chantaje, saque a la luz determinados nombres, fechas, lugares y hechos…