El ingeniero Pedro Nájera comentó que sigue en pie el proyecto de realizar minería a cielo abierto en la zona de Wirikuta, lo cual afectaría de manera importante su biodiversidad y también al pueblo huichol, dado que ésta es una zona sagrada a donde acuden a peregrinar.
Incluso, agregó que la empresa minera ha hecho uso de grupos de choque que se presentan en las asambleas para confundir y desinformar a los ejidatarios diciéndoles que, de desarrollarse un Plan de Manejo Sustentable, no se les permitirá tener cabras ni cultivos, y que, además, los huicholes quieren apropiarse de sus terrenos, sin embargo, esta información es falsa, dado que el Plan de Manejo Sustentable plantea otras formas de producción, en las que podría considerarse, aun, la minería tradicional.
Otro de los problemas que ha señalado la población, es el uso de los cañones antigranizo por parte de empresas agroindustriales, los cuales se utilizan para evitar que el granizo dañe cosechas; se cree que estos pueden ocasionar sequías, sin embargo, esto no se ha comprobado, como tampoco se ha comprobado su eficacia.