El deterioro provocado por el abandono provocó que sólo se mantuvieran en pie las crujías norte y poniente. Desmantelado el Palacio, perdida la condición de edificio cerrado, la estrategia que se propuso fue la de plantear una intervención que permitiera al conjunto de las construcciones existentes y a las de nueva planta una cierta condición unitaria.
El proyecto consta de dos partes bien diferenciadas. Por un lado, la recuperación de la parte que se ha conservado del antiguo edificio medieval, donde se ha instalado un área de consulta y atención al público, y por otro lado, la construcción de un edificio de nueva planta de mayor amplitud en el que está ubicado el depósito documental. Esta sección del edificio, con vocación de Torre del Homenaje, está diseñada en base a un patio cuadrado y 3 módulos de 20x8m que albergan un sistema de almacenaje en base a estanterías móviles compactas, construida con hormigón armado y recubierta con un aplacado de piedra. También se acristaló el claustro por razones ligadas al uso a través de un muro cortina sustentado por una estructura de acero inoxidable
Al entrar en el edificio, llama igualmente la atención una maqueta histórica de 65m2 realizada a escala 1:200 que reproduce la ciudad amurallada de principios del siglo XX. El conjunto de las murallas fue construido entre los siglos XVI y XVII sobre la antigua muralla medieval del Reino de Navarra. Felipe II ordenó su reestructuración y construcción acorde con los sistemas defensivos de la época en Europa, reformándose estos sistemas durante el siglo XVIII. Fue hacia 1920 cuando se procedió a abrir y ensanchar la ciudad, derribando la parte sur de sus murallas, conservándose el resto en la actualidad.