Nos remontamos a sus inicios cuando el 20 de Marzo de 1867, Isabel II firma un Real Decreto, que gracias a él se funda el Museo Arqueológico de España, en el que se exponen y conservan diferentes materiales arqueológico, etnográficos, etc. Finalmente se inaugura el 9 de Julio de 1871 por parte del rey Amadeo I.
Ya en la Guerra Civil Española, el Museo sufrió un saqueo tanto de Monedas de Oro, cómo del Tesoro de las Quimbayas, un tesoro de más de 123 piezas regalado por Colombia a España por solucionar un conflicto entre Colombia y Venezuela. De las monedas todavía no se sabe donde se encuentran, pero el tesoro de Quimbayas, fue devuelto a España al saberse que se encontraban en Ginebra.
Desde el año 2008 se ha acometido una impresionante reforma del Muso Arqueológico Nacional, pese a aumentar la superficie del expositiva del museo, han descendido el número de piezas que se exponen. La reforma era totalmente necesaria porqué había que darle un aire nuevo a un Museo que tiene tanta historia, y hacerlo más interactivo, para que el visitante interactue con él. El Arquitecto que ha reformado el Museo es Juan Pablo Rodríguez Frade.