La nueva historia sigue los heróicos esfuerzos de la agencia cripto-zoológica Monarch, mientras sus miembros se enfrentan a varios monstruos del tamaño de un Dios, incluyendo al poderoso Godzilla, quien choca con , Rodan y su último enemigo, el rey de tres cabezas, Ghidorah. Cuando estas antiguas súper especies, que se cree que son mitos, vuelven a surgir, todas luchan por la supremacía, dejando la misma existencia de la humanidad colgando en la balanza.