La realidad de este espacio está muy ligada al poblamiento que ha sustentado desde el siglo XV, cuando fue conquistado por los Reyes Católicos en 1487. El reparto de las tierras entre los vencedores dio lugar a la sustitución de los bosques mediterráneos por cultivos de viñas, almendros y olivos, con el pretexto de alcanzar un mayor rendimiento económico. A partir de este momento cuando comienzan las fuertes inundaciones que asolan la ciudad de Málaga. Estas alcanzan tal gravedad que varias son las medidas dictadas por gobiernos posteriores para limpiar de sedimentos la desembocadura del río Guadalmedina.
A finales del siglo XIX es cuando se produce la decadencia del cultivo al verse afectada por la enfermedad de la filoxera, que ataca a la uva. En la actualidad esta actividad es marginal, realizándose dentro del Parque aún de forma tradicional la «pisa» en el lagar de los Torrijos, así como la obtención del vino denominado de «los montes», con una finalidad más bien demostrativa y de exposición.
Con el desarrollo de las nuevas tecnologías se aborda el problema de los desbordamientos del río, construyéndose el embalse de Agujero y realizando sucesivas repoblaciones forestales a partir de los años treinta. Estas actuaciones configuran definitivamente el Parque Natural.