La primera es una isomerización, una reacción en la que se transforma a la molécula en otra con diferentes enlaces, pero el mismo contenido de átomos. La molécula producida se denomina dihidroxiacetona fosfato o (DHAP) en base a la molécula de GAP
La dihidroxiacetona es una molécula que también hace parte de la glucolisis, siendo uno de los productos del rompimiento de la fructosa 1,6-bifosfato junto al gliceraldehído 3-fosfato.
La enzíma involucrada se denomina isomerasa de triosas fosfato, al igual que las moléculas que involucra, la isomerasa de triosas fosfato también es empleada en la glucolisis. La reacción que cataliza es reversible y por lo tanto altamente dependiente de las condiciones de equilibrio al interior del cloroplasto.
En ambos contextos la reacción es la misma.