Huidobro realizó un trabajo espectacular, presentando una memoria el 30 de abril de 1840, en la que se especificaban las tareas realizadas, así como los 1128 legajos inventariados. Los libros de acuerdos estaban correctamente ordenados y determinadas 385 clases alfabéticas, que identifican las series documentales con las que hoy se organiza el archivo.
El trabajo de Huidrobo y su fama se extienden, y son muchas las peticiones de otras casas consistoriales de que ordene sus archivos. La documentación del archivo sigue aumentando, llegando la información referente al Repeso, la Contaduría, la Milicia Nacional y el Pósito.
Debido a este gran volumen de documentación el archivero ve la necesidad de un cambio de sede del archivo, pero hasta pasados 10 años – 1868 – no se depositan los fondos en la Casa de la Panadería de la Plaza Mayor. En 1856, se crea la Escuela Superior de Diplomática, organismo vinculado a la Universidad Central de Madrid que formó a bibliotecarios, archiveros y anticuarios. La creación de esta Escuela, supuso el comienzo de la correcta formación para el personal que quisiera trabajar en bibliotecas, archivos y museos.Huidobro muere, y el Ayuntamiento el 5 de febrero de 1858 le da la jubilación con honores, nombrando a Wenceslao Muñoz como archivero, el 9 de febrero de ese mismo año, y después de la Ley Moyano, apareció un decreto sobre el uso de los archivos y las bibliotecas, así como su conservación.