El 17 de mayo de 1863, obtiene la baja solicitada en el ejército del Zar. Un mes más tarde, se alista sin embargo en el levantamiento de Polonia para liberarla del poder zarista de ocupación, y ante las insistencias del Gobierno nacional polaco, clandestino, acepta el cargo de Ministro de la Guerra en Vielna, para toda la comarca de Lituania. Kalinowski, conocedor del poderío militar ruso, sabe cuál va a ser el resultado de aquella insurrección, pero su patriotismo le obliga a no claudicar. En el otoño de este mismo año la insurrección queda vencida.
A causa de su participación en este movimiento de liberación en Polonia, en la noche del 24 al 25 de marzo de 1864 es arrestado por los rusos y el día 2 de junio condenado a muerte. La pena le es conmutada por 10 años de trabajos forzados en Siberia, hacia donde parte el 11 de julio. En Siberia en 1874, los condenados experimentan algunos cambios en su condición debido a sucesivas amnistías, pasando de deportados a expatriados, con las consiguientes mejoras de vida. Conseguida la libertad en septiembre de 1874, se traslada a Austria y en octubre a París donde es nombrado educador del príncipe Augusto Czartoryski. En 1875, viaja con el príncipe, que tiene síntomas de tuberculosis, a diversos lugares de Francia, Suiza, Italia y Polonia, buscando remedio para su salud.
En 1877, el día 15 de julio ingresa al Carmelo Teresiano, llega al noviciado de Graz, en Austria. Después de unos meses de prueba, recibe el hábito el 26 de noviembre y cambia su nombre por el de Rafael de San José. De 1878 a 1881, hace sus estudios eclesiásticos en Giör (Hungría). Y en 1882, recibe la ordenación sacerdotal en Czerna (Polonia). De 1882 a 1907, el P. Rafael consumió el resto de su vida sirviendo en puestos de responsabilidad en la Orden: superior, organizador de la vida carmelitana y formador de varias generaciones de carmelitas.
Dedicó mucho tiempo y esfuerzos a los monasterios de las carmelitas descalzas y colaboró en la fundación de dos nuevos conventos. El estudio y la investigación ocuparon buena parte de los últimos años de su vida. Fruto de estos trabajos fue la edición, en cuatro tomos, de las Crónicas de las Carmelitas Descalzas en Polonia durante los siglos XVII y XVIII. Publicó también algunos trabajos propios, así como algunas traducciones del francés al polaco. Se distinguió en el celo por la unidad de la Iglesia y la incansable dedicación al ministerio del sacramento de la penitencia y a la dirección espiritual. Muy devoto de María, acudían a él los fieles incluso desde muchos kilómetros de distancia, haciendo florecer en Polonia la Orden del Carmelo Teresiano.
Funerales del santo.
Siempre delicado de salud, sobre todo desde su permanencia en Siberia, entregó su alma a Dios en Wadowice el 15 de noviembre de 1907, y enterrado en el convento de Czerna el día 20 de noviembre. El 22 de junio de 1983 era beatificado en Cracovia, y el 17 de noviembre de 1991, canonizado por Juan Pablo II.Fuente:
http://www.portalcarmelitano.org
A 19 de noviembre además se celebra a
San Pablo de Skálholt, obispo.
San Abdías, Profeta.