La ocupación más antigua de su término municipal se remonta entre los años 2000 y 2500 aC, en la Cueva de los Majuelos
Su entorno es especialmente atractivo porque se halla dentro del Parque Natural Sierra Mágina.
Uno de los elementos más emblemáticos de Pegalajar es el embalse conocido como La Charca, que desde la Edad Media ha recogido las aguas del manantial de la Fuente de la Reja.
Las Cuevas de los Majuelos y Aro tienen categoría de Monumento Nacional y en ellas se han encontrado restos arqueológicos de la Edad del Cobre.
Entre los edificios que forman parte de su patrimonio histórico y artístico se encuentra la Iglesia de la Santa Cruz, cuya torre campanario es la Torre del Homenaje de su antigua fortaleza.
También destacan el Arco de la Encarnación y el Ayuntamiento de bella fachada con balcón de triple arcada.
Son de destacar las huertas escalonadas, declaradas Patrimonio Cultural.