El que los navegadores antiguos o IE no acepten etiquetas HTML5 no suele ser un problema a la hora de mostrarlas, el problema viene a la hora de aplicar estilos e IE que no le aplica los estilos, ya que IE ignora las etiquetas.
header { /* sus estilos */ }
section { /* sus estilos */ }
footer { /* sus estilos */ }Para ponerle solución, se puede crear un elemento dinamicamente antes de aplicar los estilos, y por arte de magia (o desesperación) tendrá los estilos al elemento.
<!--[if lt IE 9]>
<script src="http://html5shiv.googlecode.com/svn/trunk/html5.js"></script>
<![endif]-->