Durante un tiempo aproximado de 6 semanas, los técnicos encargados del proyecto alimentan y controlan el comportamiento de los animales, asegurando su bienestar y avaluando su preparación para llevar a cabo el primer vuelo. Una vez superado este periodo, se inicia la 2ª fase, consistente en liberar a los pollos de águila pescadora. La suelta tiene lugar durante la noche, y a lo largo de la mañana; poco a poco van saliendo de la torre, de manera que el estrés les afecte lo menos posible.
En esta especie, los padres alimentan a sus pollos hasta el momento de la migración, por eso se dejan grandes cantidades de pescado fresco cerca de la torre: para que las aves liberadas puedan alimentarse.
Con el mes de septiembre, llega el momento de la migración; un proceso de partida que se extiende hasta el mes de octubre y en el que las águilas pescadoras abandonan Marismas del Odiel, en busca de territorios más cálidos en el continente africano, sobresaliendo Senegal, como destino más frecuente.
Existen ejemplares que no migran, ya que se limitan a seguir el patrón marcado por las numerosas pescadoras que invernan en Marismas del Odiel, procedentes del norte de Europa.