Además de trabajar en la docencia universitaria, también lo hace en la investigación científica, concretamente en el ámbito de la entomología, paleoentomología y biología subterránea. Fruto de este trabajo es su autoría en 4 libros y más de 170 artículos científicos. Ha participado en diversos proyectos de investigación, destacando especialmente su participación activa como IP en los dos últimos, ambos encaminados a conocer mejor la vida del medio subterráneo superficial (MSS) de la península ibérica.
Todo ello, le ha permitido describir nuevos taxones para la ciencia, desde el nivel de familia hasta el de subespecie, destacando muy especialmente un apreciable número de nuevas especies, muchas de ellas adaptadas a la vida subterránea. Cabe destacar que es fundador, y coordinador, del Grupo de Investigación de Biología del Suelo y de los Ecosistemas Subterráneos (GIBSES), oficialmente reconocido por la Universidad de Alcalá.
En su labor académico-investigadora ha dirigido dos tesis doctorales, y diversos trabajos de fin de máster (TFM) y de fin de grado (TFG), encuadrados en el marco de la biología subterránea. Ha formado parte de comités científicos, y es un activo participante en la divulgación de la actividad investigadora mediante conferencias y la participación en congresos.
En la actualidad es referente mundial en torno a los estudios de la biología subterránea así como en la taxonomía de la familia Carabidae. Gran comunicador, gran divulgador y gran científico con el que muchos espeleólogos del Mundo han podido colaborar.
Por todo ello, el jurado ha decidido otorgar el Premio ESPELEO 2020 Internacional de Investigación de la Biología Subterránea al Dr. Vicente Manuel Ortuño Hernández.