Tras el dominio y control de los territorios, vino la tarea de organizar el gobierno de las colonias. Aunque, en algunos casos, de quiso resucitar el viejo sistema de compañías privilegiadas de corte mercantilista, lo más corriente fue la implantación de una administración desde la metrópoli con distintas modalidades de las que vamos a destacar dos: Protectorados y Colonias. Es verdad que, en algunos casos, no se diferenciaban mucho, por ejemplo, en Indochina, Francia estableció una colonia (Conchinchina) y dos protectorados (Camboya y Annam).
1) PROTECTORADOS
A los protectorados se les reconoce una cierta singularidad. Teniendo en cuenta el pasado del territorio y su interés estratégico, se respeta una cierta ficción de Estado cuyo gobierno indígena, respaldado y controlado por la metrópoli, organiza y dirige la vida interior. La metrópoli controla la política exterior y el ejército colonial. Suelen crearse protectorados en territorios en los que hay choque con movimientos indígenas cuya resolución no interesa y se deja en manos de las autoridades autóctonas. A las metrópolis a las que, más que una conquista sistemática, interesa el control y explotación del protectorado.
2) COLONIAS
A las colonias no se les reconoce ningún tipo de soberanía, son como un territorio más de la metrópoli. Desde la metrópoli se organiza la administración del territorio imponiendo sus instituciones y funcionarios y, por supuesto, el ejército. Pueden ser:
- De explotación. Una minoría de población blanca dirige la explotación de la colonia y su administración.
- De poblamiento. Tienen poca población indígena y, por diversas circunstancias (clima, situación...) atraen gran cantidad de población blanca que se impone a la población indígena. En ellas se reproducen los modos de vida de la metrópoli.