El anfitrión es siempre quien organiza el acto. Así que en este caso, el anfitrión es el Alcalde.
Si el evento es con motivo de alguna actuación municipal, y por ello está invitado el presidente de la Comunidad, si es el de mayor categoría se convierte en el invitado de honor.
Ha de consultar usted la legislación sobre precedencias de su Comunidad Autónoma, pues hoy día prácticamente todas la tienen, y si no fuera el caso, ha de regirse por el RD 2099/83, que rige las precedencias en España.
En cualquier caso, es lógico pensar que si el Alcalde invita al Presidente de la Comunidad, le ceda el lugar de honor y por lo tanto lo sitúe presidiendo la cena, quedando el Alcalde a su derecha. Si me da más datos, podré ayudarle mejor.
Saludos.