Durante los últimos años del siglo XIX y gran parte del XX, el jardín perdió parte del suelo y del arbolado y sufrió la falta de agua y de dinero. Todo esto llevó al jardín a largos periodos de decadencia. El jardín fue abierto de nuevo, totalmente restaurado, en 1981 coincidiendo con su II Centenario. Actualmente es un centro de investigación del Consejo Superior de Investigaciones Científicas. El recinto está situado sobre terrazas escalonadas:
- La terrazas de los cuadros, contiene las colecciones de plantas ornamentales, medicinales, aromáticas y de huerta
- La terraza de las Escuelas Botánicas, se muestra la colección taxonómica de plantas
- La terraza el plano en Flor, en esta zona hay una gran variedad de árboles y arbustos.
- La terraza Alta o de lo Laureles, destinada a albergar colecciones especiales, como la de los bonsáis.