Durante una inspección submarina rutinaria en los alrededores de la isla de Yonaguni (与那国海底構造物)(colindante con Taiwán) los científicos del Centro Geológico Oceanográfico de la Universidad de Ryukyu en Okinawa, se toparon con una estructura que se encuentra a unos 200 metros de la región de Arakawabana, y que no parece ser producto de la naturaleza, sino que se le atribuye a la intervención de la mano del hombre.
Se trata de una estructura de 120 m. de largo, 40 m. de ancho y 20 m. de alto.
Aparentemente se trata de un tramo de escaleras, con dos orificios de unos 90 cms. de diámetro y 1 metro de profundidad que se cree eran para colocar dos pilares hechos de madera. Datan de 4.000 a 10.000 años atrás.
En septiembre de 1997, Robert Schoch con Kihachiro Aratake, John Anthony West y Graham Hancock, se propusieron investigar las ruinas de Yonaguni.
Al salir del pasillo divisaron dos megalitos asombrosamente regulares, que la naturaleza difícilmente podría haber colocado.
La estructura principal presenta ángulos casi rectos y bordes o esquinas bien determinadas que difícilmente pueden considerarse naturales y que se encuentran a lo largo de 5 Km. de la costa sur de Yonaguni.
Tras el terremoto submarino del 4 de mayo de 1998, partes de la isla y del monumento fueron destruidas, pero luego se realizaron filmaciones submarinas descubriendo nuevas estructuras jamás vistas anteriormente, cuya forma es similar a los Zigurats de Mesopotamia, con características insospechadas que, según algunos, desmentirían su origen geológico, convirtiéndolos en los edificios más antiguos del mundo.En julio del año 2000, un equipo de filmación de CanalHistory se sumergió en Yonaguni para ver las ruinas de cerca. Los buzos vieron una gran estructura plana con dos lados elevados: el denominado Escenario, que puede que fuera un altar, un escenario o un trono. Aseguraron que junto al Escenario había un rostro muy similar a las antiguas representaciones de América Central, sobre todo parecido a algunas esculturas mayas.
En términos históricos y arquitectónicos, no se le pueden atribuir su construcción al reino de Ryūkyū, ya que históricamente, el ente es reciente (siglos XII-XVII), puesto que hasta ahora no se han descubierto las herramientas con que se han construido las estructuras y sus dimensiones son comparadas con las Pirámides de Egipto, Mesopotamia, México y Perú. También se han encontrado agujeros en las cimas de las estructuras cuya función sería dar cimiento a los postes de madera que soportaban el techo.
El último puente de tierra que conecta las islas con China puede haber aparecido durante el último período glacial a fines del Pleistoceno, conectando una serie de importantes islas a través de Taiwán, Okinawa y Amani Oshime, con el área de Kyushu.