En 361 fue elegido San Melecio (12 de febrero) como obispo a la sede antioquena. Todo lo que hubo de pasar este Patriarca, opuesto a Leoncio es bien sabido. Destierros, incomprensiones por parte de San Atanasio (2 de mayo) y otros prelados, etc. Melecio ordenó presbítero a Flaviano, teniendo en él un firme colaborador durante los 20 años que duró su episcopado. Cuando en 381 Flaviano fue elegido sucesor, heredó los problemas que ya bien conocía. Además, los católicos ya no solo estaban enfrentados a los arrianos, sino que además, los primeros, además divididos entre eustacianos y melecianos, seguidores del fallecido Melecio y que le habían sido fieles durante los destierros. Como Flaviano era fiel a Melecio, el papa San Dámaso (11 de febrero) y San Pedro II de Alejandría (14 de febrero) rechazaron aceptar a Flaviano, prefiriendo a Paulino, a pesar de que este había hecho la guerra a Melecio y había sido reprobado en el Concilio de Constantinopla por los obispos y el emperador San Teodosio I (17 de enero). Pero aunque Paulino murió en 383, tampoco pudo tomar su cátedra Flaviano, pues Evagrio tomó posesión apoyado por los eustacianos.
En 393 Flaviano logró acceder a la sede, impidiendo que los eustacianos tuvieran su propio prelado. Finalmente, cuando en 398 San Juan Crisóstomo (27 de enero, traslación de las reliquias a Constantinopla; 30 de enero, Synaxis de los Tres patriarcas: Juan, Gregorio y Basilio; 13 de septiembre, muerte; 13 de noviembre, Iglesia oriental; 15 de diciembre consagración episcopal) fue elegido Patriarca de Constantinopla, con su autoridad indiscutible confimó a San Flaviano como legítimo obispo de Antioquía. En 401 tuvo que mediar entre el emperador y unos condenados por destruir estatuas del mismo emperador, alcanzando el perdón para los rebeldes.
San Flaviano falleció en 404.
A 21 de febrero además se celebra a San Pedro Damiani, obispo y Doctor de la Iglesia.