Tradicionalmente, este grupo se sostuvo como monofilético, es decir, que todos sus miembros descendían de un único ancestro común. Y además, se solían ubicar en la base de los ornitisquios, como uno de los grupos menos derivados de estos dinosaurios.
Sin embargo, un nuevo estudio sugiere algo radicalmente opuesto: que los heterodontosáuridos no eran monofiléticos y que en su lugar, eran un grado evolutivo que condujo hacia los Pachycephalosauria. Un grado evolutivo consiste de una serie de especies que no tienen un ancestro común único, sino varios y que además, se transforman gradualmente en otro grupo, volviéndose una agrupación parafilética (que excluye a ese grupo nuevo que deriva del anterior) y por ende, no válida para el sistema de clasificación actual. Un ejemplo de este tipo de grupo son los "acantodios", que dieron origen a los condrictios.
Lo sorpresa más grande es ver precisamente este cambio, de estar en la base de Ornitischia "saltaron" hacia la base de Pachycephalosauria.
Si esta hipótesis está en lo correcto, se llenarían millones de años de evolución, pues los paquicefalosaurios deberían haber aparecido desde el Jurásico y todo su registro se limita al Cretácico. Pero no nos emocionemos. Esta, como toda comunicación científica es sujeto de debate entre los expertos en el tema. Por lo que más adelante veremos si esta topología (forma del "árbol") se sostiene con análisis posteriores o no. Por ahora, se da respuesta a la aparentemente inconexa relación de los grupos de ceratopsios y paquicefalosaurios, pues en este análisis Marginocefalia (el grupo que los une), queda delimitado con únicamente un carácter de la región posterior del cráneo que tambalea precariamente. Ya veremos qué sucede más adelante.
Fuente: P. -E. Dieudonné , P. Cruzado-Caballero , P. Godefroit & T. Tortosa (2020): A new phylogeny of cerapodan dinosaurs, Historical Biology, DOI: 10.1080/08912963.2020.1793979