La vegetación que acompaña al río en este entorno es principalmente de ribera, donde hay especie de sauces, álamos, adelfas, zarzas y carrizos. Los Sotos y sus alrededores albergan una importante avifauna. Cada año se observan más de 110 especies de aves y una colonia de cría de garcilla bueyera y martinete, localizada desde 2010 cerca del Molino de Martos.
Acoge una muy pequeña población de calamón y solo de vez en cuando al morito. También es muy frecuente los avistamientos de nutria.