Tras la Guerra, escribirá historias de todo tipo: románticas, western… Aquí nos interesan en particular las historias de misterio y ci-fi que realizó con Kirby Goliath! The monster that... walked like a man (1960, Journey into mystery #63) o We were trapped in the twilight world! (1961, Amazing adventures #3), y junto a Ditko Those who... change!" (1962, Amazing adult fantasy #10)
Cuando DC resucita los viejos héroes de la casa en el supergrupo Justice League of America (1960), Goodman encarga a Lee crear su propio supergrupo para competir con su eterno rival. El resto es historia: al fulminante éxito de Fantastic 4 (1961, dibuja Kirby) seguirá el aún mayor de Spiderman (1962, con Steve Ditko) y una verdadera legión de héroes como Hulk, Thor (1962), Sgt.Fury, Dr.Strange, Iron Man, X-men, Avengers (1963), Daredevil (1964), Black Panther (1966), Silver Surfer o Captain Marvel (1968).
Cuando Lee cuenta 94 añitos, la “Casa de las Ideas” sigue viviendo de ellos, habiendo encontrado gracias al avance de la animación digital un nuevo filón en las pantallas de cine, donde Lee ha hecho cientos de cameos.