El edificio fue inaugurado el 10 de octubre de 1856, fecha que coincide con el cumpleaños de la entonces reina Isabel II. Siendo iniciativa de la Sociedad Lírica Española, para poder contar con un espacio propio para la interpretación de zarzuelas. Fueron sus impulsores maestros de la época, entre los que destacan Francisco Asenjo Barbieri, Joaquín Gaztambide y Rafael Hernando, entre otros. Las obras fueron financiadas por el banquero Francisco de las Rivas, y aunque se encargaron al arquitecto Jerónimo de Gándara, fueron ejecutadas por José María Guallart, inspirándose en la Scala de Milán: un edificio en forma de herradura con tres alturas de palcos.
Incendio De 1909
Durante toda la segunda mitad del siglo XIX, se convirtió en el lugar donde se interpretaban las piezas maestras de la zarzuela, y se producían sus estrenos. El 9 de noviembre de 1909 el edificio fue prácticamente destruido por un pavoroso incendio. Reconstruido en 1914, fue reinaugurado por el maestro Luna y su orquesta. En 1955 siendo los propietarios los herederos del compositor Rafael Calleja Gómez y el industrial Manuel del Río Bengoechea, se vendió a la Sociedad General de Autores de España, que realizó una remodelación, en la que se perdió buena parte de la fachada y los ornamentos del interior. En 1963 pasó a ser propiedad del Estado y en 1984 el Ministerio de Cultura —en vista a que faltaba un teatro de ópera en Madrid—, amplió la oferta de actividades a la ópera, la danza y el flamenco. En 1998, tras a ver sido declarado cuatro años antes Monumento Nacional, se emprendió una nueva remodelación, recuperando buena parte de su estructura original y siendo destinado en exclusiva a la lírica española. Desde enero de ese mismo año la Orquesta de la Comunidad de Madrid es la titular del Teatro.