Este tratado forma parte de los tratados firmados sobre los límites entre España y Portugal, desde el Tratado de Alcáçovas de 1479. El tratado estuvo basado en el derecho romano, cuando dice: “quien posee de hecho, debe poseer de derecho”. En el se ampliaron los dominios de Portugal, dejando los límites de Brasil prácticamente en su estado actual.
Durante la unión de España y Portugal entre los años 1580 y 1640, el Tratado de Tordesillas no tenía razón de ser, ya que, con dicha unión, los portugueses, podían establecerse mucho más allá del meridiano de Tordesillas. Por otra parte, coincidiendo con la crisis nacida en 1640, Portugal, de nuevo independiente, emprendió, sin base legal, acciones comerciales y coloniales más allá de dicho límite. Tal es el caso de la fundación en 1680 de la Nueva Colonia del Santísimo Sacramento, frente a la ciudad de Buenos Aires, en las del actual Uruguay, o la fundación, en 1737, del presidio de Jesús María José, origen de la actual Río Grande del Sur en el actual Brasil, situada en la orilla del río de la Plata, en la orilla opuesta a Buenos Aires. Estas acciones provocaron una serie de disputas entre España y Portugal, que finalmente se zanjaron en este Tratado de Madrid.
Debido a que, en 1750, España tenía establecimientos en territorio portugués y viceversa, el Tratado estipulaba establecer límites claros para los dominios de los respectivos países, por lo cual se forzaba la cesión de cada una de las partes de los territorios situados en la parte contraria.
De acuerdo con el Tratado Portugal entregaba a España la Colonia de Sacramento, recibiendo, a cambio, los territorios del Sur, el nacimiento del río Ibicuí, las misiones, el margen derecho del río Guaporé y cedía el territorio occidental del río Japurá al Amazonas y la navegación del río Iça. También se establecía que, en caso de guerra entre ambos países, sus vasallos de América del Sur permanecerían en paz.
El Tratado, también fue firmado, el 5 de octubre de 1750, por el embajador de Gran Bretaña y el secretario de Estado José de Carvajal y Lancaster. En el Tratado se cancelaba el Asiento de negros y el navío de permiso establecidos en el Tratado de Utrecht, al terminar la Guerra de Sucesión Española. Como compensación, España, se comprometía a pagar a la South Sea Company la cantidad de 100 000 libras, pagaderas en varios plazos. Como resultado de todo esto, se daba por terminado el derecho del comercio británico en la América Española, aunque no acabó con la trata de esclavos, ejercida por comerciantes británicos, que continuó de forma ilegal desde la isla de Jamaica y desde Belice, que los ingleses se negaron a abandonar.
A consecuencia de la aprobación de los nuevos límites, la región de las Misiones Orientales, que comprendía los siete pueblos que quedaban en la margen izquierda del río Uruguay, debían pasar a manos portuguesas. Estos poblados eran: San Borja, San Nicolás, San Luis Gonzaga, San Lorenzo, San Miguel, San Juan Bautista y Santo Ángel. Esta resolución, sin embargo, tenía mayor calado del que podía parecer, puesto que, mientras en los territorios portugueses se permitía la esclavitud de los indígenas, en los territorios españoles todos los indígenas eran automáticamente súbditos de Su Majestad, gozando de su protección, por lo que no podían ser esclavizados. Esta diferencia en el estatus de la población indígena, fue aumentada, veladamente, por los jesuitas, lo que provocó la resistencia a entregarse a Portugal, resistencia que acabó con el estallido de Guerra Guaranítica (1752-1756), y en la que destacó el cacique José (Sepé) Tiarajú, que capitaneaba a los guaraníes, hasta que falleció antes de la Batalla de Caibaté —, la última de dicha guerra, en la que se enfrentaron los guaraníes contra los ejércitos de España y Portugal, los cuales defendían la imposición de las nuevas fronteras. Finalmente, las siete poblaciones no pasaron a manos portuguesas, y esta resistencia de los jesuitas y de los indígenas —tutelados por ellos—, provocó la reclamación por parte de España, de las citadas siete reducciones.
Durante la Guerra de los Siete Años se firmó el Tratado de El Pardo de 1761 que anuló el Tratado de Madrid, por el que España no debía entregar las Misiones Orientales, al tiempo que Portugal retenía la Colonia de Sacramento. Del mismo modo, la capacidad de liderazgo mostrada por la compañía de Jesús, y su capacidad para movilizar a miles de personas, que había quedado patente en la Guerra Guaranítica, hizo temer a la corona española por la estabilidad de la zona, siendo el germen de la motivación para la Pragmática Sanción de 1767, por la cual, el rey Carlos III decretaba la expulsión de los jesuitas de todos los territorios de ultramar.
Ramón Martín