Desde su llegada, los jesuitas muy pronto jugaron un papel político y religioso en Cuzco. Francisco de Toledo había enviado capturar al último inca de Vilcabamba, Túpac Amaru. Ante esta situación, el provincial Ruiz de Portillo decidió intervenir y ordenó al Hermano Gonzalo Ruiz para que instruyera al inca en todo lo referente a la fe cristiana durante su tiempo de prisión (Altamirano 1704: 334 y ss). Altamirano refiere que el rector del Colegio del Cuzco, P. Luis López y el P. Alonso de Barzana buscaron por todos los medios que el juez revocase la sentencia de muerte que caía sobre el inca (Altamirano 1704, 345).
Ante la negativa, los jesuitas no solo asistieron espiritualmente al inca, sino que también le brindaron los sacramentos. Altamirano relata que en el momento previo al suplicio, el inca pronunció un discurso a los indígenas, sus súbditos, que se encontraban en la Plaza Mayor. En ese discurso, Túpac Amaru animó a los indígenas a recibir las enseñanzas cristianas de manos de los jesuitas: "[...] Alcanzareis la dicha corona del Cielo donde espero nos veremos, siguiendo la Doctrina santa y consejo de los Jesuitas, que son muy seguros para amigos y padres verdaderos de las almas como lo han sido de la mía; a quienes debo la gloria eterna, que espero alcanzar y verme libre de las eternas penas del Infierno, a donde corría por las costumbres diabólicas de nuestros Mayores" (Altamirano 1704: 366). De esta manera, los jesuitas se convirtieron simbólicamente en los tutores (padres) de los indígenas, una vez que estos habían quedado en estado de "orfandad" después de la muerte de su rey.
ALTAMIRANO, Diego Francisco
1704 Historia de la Provincia del Perú , número 220, año 1, cuatro
volúmenes. Lima: [s.n.].
Adolfo Domínguez, S.J. COLEGIOS JESUITAS EN EL PERÚ AL MOMENTO Revista SÍLEX, nº 3, Julio-diciembre, 2014, Lima, Universidad Antonio Ruiz de Montoya PP.132-133 Versión on line: http://www.uarm.edu.pe/Revistas/silex/restauracion-o-renovacion-200-a%C3%B1os-despues#.VR14V_yG-E4 DE LA EXPULSIÓN