Debido a su carácter fuerte y peculiar, Mario ha sido centro de polémicas desde su debut. Algunos de sus numerosos escándalos son:
Le tiró tomates a un entrenador de la Serie A italiana.
En marzo de 2010 José Mourinho, entrenador por entonces del Inter de Milán, decidió apartarlo de la lista de convocados para el partido ante el Livorno después de que se pusiera la camiseta de su equipo rival, el A.C. Milan, en un programa de televisión del Canal 5.
Su actual equipo, el Manchester City, decidió abrirle un expediente y multarlo con 113.000 euros debido a una de sus muchas extravagancias: se le acusó de lanzar dardos a los juveniles del club mientras estos se entrenaban en la ciudad deportiva. "Estamos convencidos de que Mario no pensó en dañar a nadie", dijeron desde el club inglés.
Reconoció en un lujoso restaurante de Manchester a Jennifer Thompson, la famosa prostituta que estuvo a punto de acabar con el matrimonio de Wayne Rooney. Balotelli, entonces, empezó a corear "Rooney, Rooney" entre risas hasta provocar el enfado de la mujer y su acompañante, con el que estuvo a punto de pelearse. Los camareros tuvieron que separarlos.
Es adicto al tabaco.
Se escapó de la concentración del City, en la ciudad de Manchester, para saludar al nuevo entrenador y cuerpo técnico del Inter de Milán el día de su presentación oficial, donde al entrenador del club se le escapó la siguiente frase: "¡qué sorpresa!", además le manifestó su apoyo y se especula que debido a esta situación Mario podría volver a jugar en Italia con el Inter.