El humedal Estero de Domingo Rubio, situado cerca del Paraje Natural Marismas del Odiel, en el estuario de Huelva, cuenta con protecciones regionales, nacionales e internaciones por su valor ecológico.
Sin embargo, sus arroyos tributarios y la ría de Huelva le aportan contaminantes de origen antropogénico que pueden afectar a la calidad del agua y al ecosistema, según advierte una investigación de la Universidad de Sevilla.
La actividad industrial, las acumulaciones de residuos peligrosos, la expansión de la agricultura y la extracción excesiva de áridos (material granulado para la construcción) son las principales amenazas del humedal.
El humedal aparece "inundado de forma periódica con altos niveles de elementos disueltos como cobre (Cu), arsénico (As), cadmio (Cd), cobalto (Co), cromo (Cr), níquel (Ni) y zinc (Zn), que proceden de los aportes de aguas del estuario ya afectadas por la contaminación minera".
El estudio, publicado en "Marine Pollution Bulletin", afirma que el canal de marea del humedal recibe también lixiviados ácidos (líquidos contaminantes) derivados de vertederos de residuos de sulfuros, tuberías de efluentes industriales y plantas químicas abandonadas, que contribuyen al "enriquecimiento" metálico.
La agricultura, con el aporte de nitratos y fosfatos por la escorrentía agrícola, es otra fuente importante de contaminación difusa en el humedal. Domingo Rubio también recibe del estuario de Huelva flujos de fosfato de las balsas de fosfoyeso existentes en el margen derecho del río Tinto.