Por primera vez en Patapon, el jugador como Ser Supremo, aparecerá representado en pantalla mediante la reencarnación de uno de los tres superhéroes Patapon. Desde el inicio contará con una pequeña tribu de seguidores formada por tres miembros incondicionales: Chin, Kan y Ton.
A ritmo de tambor, el Ser Supremo liderará a su tribu en una peligrosa misión para salvar a los Patapon, convertidos en piedra por las fuerzas del mal. Para ello tendrá que derrotar a 30 poderosos jefes, combinando ritmo y estrategia. Contará con diferentes combinaciones de habilidades y de armas, y su forma de liderazgo creará un estilo de lucha único, de forma que nunca habrá dos clanes de Patapon iguales. Pero, en cualquier caso, cuanta más acción vean los miembros, más adeptos serán en el arte de la lucha.