Para hacer que VLC (y cualquier programa en QT) siga las guidelines gráficas del sistema Gnome donde está instalado, tendrás que instalar:
sudo apt install qt5-style-kvantum
sudo apt install qt5ct
sudo apt install qt5-style-plugins
sudo nano /etc/environment
y añade la siguiente línea:
QT_QPA_PLATFORMTHEME=qt5ct
Reinicia el sistema.
A continuación en Kvantum en Cambiar/Borrar tema selecciona "KvGnomeDark"
Y en Ajustes QT5 en "Apariencia" - "Estilo" selecciona "kvantum-dark"