No deben tomarlo jamás las mujeres embarazadas. Y en todos los casos, debe usarse con suma precaución y nunca debe hacerse un uso prolongado del mismo. Consumido en exceso puede provocar fenómenos tóxicos .
Para uso interno, se toma en infusiones de una cucharadita por taza: dos o tres tazas al día. Para uso externo, se puede utilizar para calmar dolores de cabeza, torceduras y dolores articulares, para esto se escurren las hojas previamente hervidas y machacadas y se aplican calientes sobre las zonas afectadas En infusión se utiliza para gargarismos contra anginas y catarros de la garganta. Las personas que no oyen bien, pueden poner a hervir bien el ajenjo y dejar penetrar el vapor en los oídos, tapándose muy bien la cabeza con una toalla para que el vapor no se pierda rápidamente; también se puede colocar un embudo sobre el recipiente con la decocción caliente y recibir el vapor en el oído. Durante este proceso se limpia los oídos por lo que pueden salir sustancias impuras de los mismos . Para el mal aliento se pueden hacer gárgaras con la tisana de ajenjo; también es recomendable tomarla Para el mareo, resulta conveniente tomar una cucharada de tisana de ajenjo cada hora durante el viaje, tenga precaución de no tomarlo junto con las comidas . Como diurético y digestivo, se toma la infusión, preparada con una cucharada de hierba de ajenjo en una taza de agua hirviendo. Dejar asentar de tres a cinco minutos. Colar y beber lentamente uno o dos tazas diarias.